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NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）
NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 2)
NEBNext® 接头采用了一种新型的发卡环状结构，能以更高的效率连接末端经修复和加 dA 尾的 DNA 片段。环状结构包含一个尿嘧啶（U），当尿嘧啶被 USER® 酶（UDG 和 Endo VIII 的混合物）切掉后，环状结构打开，使它可以成为 PCR 反应的底物。通过在 PCR 步骤中引入 NEBNext Index 引物，从而有助于实现多重测序文库制备。此试剂盒包含 96 对预混合的独特的 i5 和 i7 Index 引物，封装在可穿透铝箔密封的一次性 96 孔板中。
NEBNext 接头引物可与 NEBNext 产品以及其它兼容 Illumina 平台的标准文库制备流程。还提供 Unique 双端 Barcode 引物（NEB #E6440）、双端 Barcode 引物（NEB #E7600、NEB #E7780）、12 种和 96 种的单端 Index 引物（NEB #E7335、NEB #E7500、NEB #E7710、NEB #E7730、NEB #E6609），以及适用于 EM-seq™ 和重亚硫酸盐测序的 Index 引物（NEB #E7140）。
图 1：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）实验流程
图 2：使用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物可显著提高文库产量并最大限度减少接头二聚体
以 100 ng 人源 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）为样本，用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）制备 16 个文库。接头和引物来自 IDT® for Illumina -TruSeq® DNA UD Index（Illumina #20022370），或 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（96 种 Unique 双端 Index 引物）（NEB #E6440）。4 个 PCR 循环后，用 Agilent® TapeStation® 4000 定量文库。
A）使用 NEBNext 接头和 Unique 双端 Index 引物，以及其对应的实验流程制备的 8 个文库，平均文库产量提高了 60%。
B）根据 16 个文库的 TapeStation 检测结果，使用 IDT for Illumina 接头和引物制备文库产生了接头二聚体（橙色箭头所示），而用 NEBNext 接头和引物制备文库未产生接头二聚体，且文库的产量也更高。
图 3：使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）扩增的文库在 Illumina NovaSeq™ 6000 上发生均匀的簇生成
使用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）和 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）制备的 96 个文库，以等摩尔浓度混合并用 Illumina MiSeq® 和 NovaSeq® 6000 仪器测序。汇总了所有文库的 Read 总数，并确定每个文库 Read 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 1.04%）。全部 96 个文库都发生有效的簇生成，并且在两种仪器上都呈现近似预期的频率。
图 4：NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）以同等效率扩增文库
用人源 NA19240 基因组 DNA（Coriell 研究所）为样本，使用 NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7805）、Covaris 超声打断的 DNA 结合 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）、NEBNext 酶学转化法甲基化建库（EM-seq）试剂盒（NEB #E7120），或重亚硫酸盐转化 DNA 结合 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒，制备 96 个文库。使用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性文库制备试剂盒（NEB #E7760），以通用人参考 RNA 为样本制备 96 个文库。使用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物）对文库进行 PCR 扩增，生成包含独特 i5 和 i7 Index 的文库。使用 Agilent® TapeStation® 4200 对文库产量进行定量，并通过汇总全部 96 个文库的总产量和计算每个文库的占比进行标准化（每个文库的预期比例 = 1.04%）。每种文库制备方法的文库扩增效率都很稳健，而且全部 96 种 Unique Index 引物组合的效率都很一致。每根柱条代表至少 2 组平行重复实验的平均值。
图 5：利用 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1-4（96 种 Unique 双端 Index 引物）的 384 对引物扩增的文库在 Illumina NovaSeq™ 6000 上发生均匀的簇生成
使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1-4（96 种 Unique 双端 Index 引物）制备的 384 个文库，以等摩尔浓度混合并用 Illumina NovaSeq® 6000 仪器测序。汇总了所有文库的 Read 总数，并确定每个文库 Read 总数所占的比例（每个文库的预期比例 = 0.26%）。全部 384 个文库都发生有效的簇生成，并且都呈现近似预期的频率。
贮存条件：建议贮存于 -20℃。
| 货号 | 产品名称 | 单位 | 购买 |
|---|---|---|---|
| E7770S | NEBNext® Ultra™II RNA 文库制备试剂盒 | 24 rxns | 商城订购 |
| E7760S | NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒 | 24 rxns | 商城订购 |
| E7805S | NEBNext® Ultra™ II FS DNA 文库制备试剂盒 - 含片段化酶 | 24 rxns | 商城订购 |
| E7645S | NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒 | 24 rxns | 商城订购 |
| E7770L | NEBNext® Ultra™II RNA 文库制备试剂盒 | 96 rxns | 商城订购 |
| E7760L | NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒 | 96 rxns | 商城订购 |
| E7805L | NEBNext Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒 – 含片段化酶 | 96 rxns | 商城订购 |
| E7645L | NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒 | 96 rxns | 商城订购 |
| 货号 | 名称 | 单位 | 购买 |
|---|---|---|---|
| E6442L | NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） | 384次 | 商城订购 |
| E6442S | NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端 Index 引物） | 96次 | 商城订购 |
