空间组学

• 基于激光显微捕获的空间蛋白组学服务

  产品介绍

  依托德国MMI高精准度激光捕获显微切割技术（LCM）靶向获取目标组织区域，采用优化的微量样本蛋白肽段提取方法，结合新一代质谱仪，实现对蛋白空间位置表达特征的精准分析，助力获取组织内不同细胞及功能区域的蛋白表达谱。

  产品特点

  
  

  全流程标准化： 从样本包埋、切片、定位采集到质谱分析，提供一站式、标准化的技术服务与长线技术支持

  

  送样要求

  为确保实验效果，请遵照以下标准进行样本准备：

  样本类型	运输方式	核心注意事项	备注
  新鲜组织	干冰运输	PBS清洗去血渍，液氮速冻，组织截面 ≤37.5px × 112.5px	每样本3张相邻切片；建议n ≥3
  OCT包埋块	干冰运输	标注切片方位；组织截面 ≤25px × 100px	保持包埋块完整，避免反复冻融
  冰冻切片	干冰运输	推荐厚度 10μm；使用特制载玻片寄送	截面限制同上
  FFPE切片	常温运输	推荐厚度 5-10μm；需置于载玻片并固定	标注切片方式

   

  
  

• VIZGEN MERFISH空间转录组技术服务

  产品介绍

  MERFISH超分辨率空间转录组服务

  
  

  2021年，美国Vizgen公司发布了商品化的MERFISH超分辨率成像分析系统MERSCOPE™。2022年基因集团签约成为中国总代理，国内率先引进MERSCOPE^TM超分辨率显微成像分析系统，上海贝晶生物技术有限公司率先正式推出MERFISH超分辨率空间转录组服务----真正意义上的原位单细胞空间基因组分析！

  样本类型与准备：

  冰冻组织，FFPE（石蜡包埋）组织和细胞样本。有详细的样品准备流程，欢迎咨询。

  Panel 的设计与规格：

  预制基因panel（均为815个基因）：人乳腺癌，人免疫肿瘤、人脑、小鼠神经和小鼠通用型研究等5种预制panel。

  用户定制基因panel：Vizgen有官方的gene panel设计门户网站（portal.vizgen.com），只需输入自己感兴趣的基因名称就可以设计您的Panel。目前gene panel有140、300、500、1000（用户指定960个）基因四种规格。

  物种和组织类型：

  目前MERFISH已经在80多种组织中进行过验证，包括小鼠的肝脏、胰腺癌、大脑、脊髓，肾脏、心脏，睾丸、视网膜、肌肉以及人类的脑、肺癌、肝癌、胃癌、结肠癌、卵巢癌、脑癌、主动脉、皮肤、DRG和肺。其他物种和组织在持续测试和优化中，如果以上没有您要研究的物种和组织，欢迎联系我们详细交流。

  标准服务流程：

  以冰冻/FFPE组织为例：

   

  标准报告内容：

  Codebook	Gene panel 的相关信息 codebook(CSV 文件)
  质检报告	RNA 样本质检报告
  下机数据及数据分析结果	Merscope 下机数据(Merfish output)，用户提供硬盘
  	检测到的转录本列表及其在三维空间中的位置(CSV 文件)、马赛克图像(TIFF)
  	细胞分区分析的输出:每个细胞矩阵的转录本(CSV)、细胞元数据(CSV)、细胞边界(HDF5)和用于 MERSCOPE Visualizer 软件的二进制文件。
  	检出基因、 转录本及细胞总表，各细胞类群的转录本和基因分布，细胞聚类与可视化，细胞类型空间分布，基因在不同类型细胞中的分布，Top基因差异热图，差异基因点阵 热图，差异基因均值热图，提琴堆叠图，ROI（感兴趣目标区域）细胞边界与差异基因可视化等。

  除标准报告外，贝晶还可为您提供高级及定制数据分析服务，欢迎咨询！

  产品特点

  基因集团上海贝晶生物技术有限公司秉承集团二十多年来转录组服务及相关数据分析经验，为广大用户提供高品质专业服务。我司MERFISH空间转录组服务有以下特点：

  1. 率先开展、交付数多：国内率先(2022年)承接单细胞原位空间转录组（MERFISH）实验服务，目前已交付数十张玻片的样本数据，与国内知名学术机构如清华大学，上海交通大学，山东大学，中科院，中国农科院等大学院所以及协和医院，湘雅医院，唐都医院等知名医学机构合作。

  2. 样本种类广泛：MERFISH服务涉及样本广泛，有数十种不同组织类型实际处理经验：如人/小鼠（成年/胚胎）脑，胃癌，卵巢癌，肝脏，心脏，脊髓，睾丸等等冰冻/FFPE组织，以及其它非商品化物种的拓展检测，经验丰富。

  3. 高品质检测：专业服务团队协助方案选择与设计，优化的技术平台和实验操作确保高质量的检测结果，目前为止的MERFISH服务项目中，商品化物种（人和小鼠）组织样本中无论是采用用户定制基因panel还是厂家预制基因panel中所有基因都有检出信号，没有未检测到的基因种类。

  4. 强大的生信支持：除提供丰富的标准分析项目外，还能根据客户需求及相关文献进行各项高级及定制数据分析。

  5. 报告内容丰富易用：除了常规PDF版报告外，提供交互式网页版生信分析报告，方便快速过滤和筛查。

   

  贝晶特色生信分析

  1. 完整涵盖常用的聚类Resolution范围，更容易找到贴近用户研究目标及样本的聚类方式

  2. 出版级的可视化效果，符合文献发表标准

  3. 交互式的网页版生信分析报告和动态图表，方便快速过滤和筛查所有基因表达的模式

  4. 根据用户需求进行目标ROI区域，跨片综合分析

  贝晶专业生信分析标准报告图示例：

   

   

  各类细胞群的转录本和基因数分布

   

  细胞类型在切片上的分布

   

  TOP基因差异热图

   

  差异基因点阵图

   

  ROI细胞边界与差异基因可视化

  MERFISH空间转录组技术的优势

  1. 空间分辨率高：≤100nm分辨率，在亚细胞水平上定位RNA转录本，实现真正意义上的单细胞空间转录组研究。

  2. 高灵敏度：媲美smFISH，无需测序，能检测到其它方法检测不到的低表达基因，有利于表征基于RNA测序无法解析的新细胞亚型或细胞类群。

  3. 基因Panel定制灵活：支持任意物种的140/300/500/1000（含用户自选的960）个基因的4种个性化定制。

  4. 商品化预制基因panel（815gene）：人乳腺癌，人免疫肿瘤、人脑、小鼠神经和小鼠通用型研究等5种预制panel。

  5. 做几百上千个基因的空间转录组同时可以进行6种蛋白markers的染色，更好地进行特定组织/细胞的转录组分析。

  6. 严格的市场验证：MERFISH技术经过10年用于基础科学研究的沉淀；100篇+高IF科学文献；超过200个国际知名研究所、高校使用；超过80种组织类型被MERFISH验证。

  7. 多样本适用性：广泛适用于冰冻组织、FFPE组织和培养细胞样本方案。

  8. 多种应用：涉及肿瘤学、免疫学、神经生物学、感染性疾病、发育生物学＆再生医学、药物开发、细胞和基因治疗等多个研究领域。

   

   

  交互式软件&可视化数据

   

    可视化MERFISH数据的交互式软件MERSCOPE Vizualizer™，轻松查看您感兴趣基因的亚细胞水平上的空间位置。

   

  技术参数

  成像分辨率：≤100nm

  成像面积：1cm²

  基因Panel规格：预制基因panel为815个基因，用户定制基因panel有140/300/500/1000genes四种规格

  技术支持

  MERFISH：多重荧光原位杂交

  (Multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization)

   

  RNA在细胞中的分布对其表达有很重要的调节作用，因此研究RNA的空间位置有很重要的意义。单分子荧光原位杂交技术(single-molecule FISH，smFISH)是进行原位基因表达检测的金标准，但其检测通量较低。

  华人科学家美国工程院院士庄小威(哈佛大学)发明了MERFISH(Multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization)多重荧光原位杂交技术，突破了传统的smFISH的技术通量低的缺陷，可以在单细胞中同时检测多至1000种基因甚至更多。

   

   

  MERFISH近期技术文章举例