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NEBNext® Ultra™ II Q5® 预混液
NEBNext® Ultra™ II Q5® Master Mix
NEBNext Ultra II Q5® 预混液是 Q5 DNA 聚合酶的最新版本,针对二代测序(NGS)文库扩增的稳定性和保真性做了全面优化。此新剂型进一步提高了文库扩增的一致性,即使在 GC 富集区域依然表现优异。 该预混液的酶是 Q5 超保真聚合酶,它是一个非常新颖的热稳定的 DNA 聚合酶,具有 3´→5´ 核酸外切酶活性,并且融合了具有增强持续合成能力的 Sso7d 结构域。Q5 还具有最优异的保真度(比 Taq DNA 聚合酶高 280 倍),错配率极低。 NEBNext Ultra II Q5 预混液是一种基于适配体的热启动剂型,方便在室温下建立反应体系。便捷的 2X 预混液包含 dNTP、Mg++ 以及专有缓冲液,仅需加入引物和 DNA 模板,即可稳健扩增。所有 NEBNext Ultra II 文库制备试剂盒中均包含 NEBNext Ultra II Q5 预混液,用于 DNA 和 RNA 的建库。
图1:使用人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备文库。一个文库没有进行扩增。另外两个文库分别使用 NEBNext Q5 热启动超保真 PCR 预混液(NEB #M0543)或使用 NEBNext Ultra II Q5 预混液(NEB #M0544)进行 5 个循环的 PCR 扩增。文库使用 Illumina® NextSeq® 500 平台进行测序。从每个数据集中随机提取 4.2 亿个 75 bp reads,平均覆盖度为 10X。使用 Bowtie 2.2.4 将 reads 与 GRCh37 参考基因进行比对。使用 bedtools v2.19.1 统计每个区域的 reads。
A:图片展示了每个文库在人基因组不同低覆盖度区域(1)的 reads数。
B:从每个数据集随机提取 4.2 亿个 75 bp reads,预计有 10X 的预测深度。图片显示了 > 10X 深度下每个文库在困难区域的覆盖度百分比。NEBNext Ultra II Q5 预混液提高了这些已知低覆盖度区域的覆盖度(没有缺失),并显示出与未扩增样品相似的覆盖度。
图2:按照生产商推荐的方法,使用 PCR-free 方法或所示的文库制备试剂盒,以 100 ng 人 NA19240 基因组 DNA 为样本制备文库。使用 NEBNext Ultra II 制备 PCR-free 文库。文库使用 Illumina NextSeq® 500 平台进行测序。从每个数据集中随机提取 4.2 亿个 reads,平均覆盖度为 10X。使用 Bowtie 2.2.4 将 reads 与 GRCh37 参考基因进行比对。使用 bedtools v2.19.1 统计每个区域的 reads。图片展示了每个文库在人基因组不同低覆盖度区域(1)的 reads数。Ultra II 可在这些困难区域实现最高且最均匀的覆盖度,让覆盖度更接近使用 PCR-free 方法所获取的覆盖度。
图3:以所示的 100 ng 基因组 DNA 为样本,使用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒进行文库制备。使用 NEBNext Ultra II Q5 预混液模块进行扩增,并在 Illumina MiSeq 平台进行测序。使用 Picard 的 CollectGCBiasMetrics(v1.117)计算 GC 覆盖度信息。水平灰线表示预期标准化覆盖度(1.0),垂直灰柱表示每 100 bp 区域的 GC 含量(%),彩色折线表示每个文库的标准化覆盖度。不论 DNA 的 GC 含量如何,NEBNext Ultra II Q5 预混液都能获得均一的 GC 覆盖度。
1、反应条件
NEBNext Ultra II Q5 预混液、 DNA 模板和 1 μM 引物,总反应体积为 50 μl。
2、贮存条件
建议贮存于 -20℃。
货号 | 产品名称 | 单位 | 购买 |
---|---|---|---|
744970.5 | NucleoMag NGS 核酸纯化以及片段筛选磁珠 | 5ml | 商城订购 |
E7335L | NEBNext 多样本接头引物试剂盒 - Illumina(检索引物试剂盒 1) | 96 rxns | 商城订购 |
M0348S | NEBNext DNA 双链片段化酶 | 50 rxns | 商城订购 |
244-PCR-C-0.2-BAG | 0.2ml PCR管 | 1000 个/包 | 商城订购 |
4381 | 0.1-2ul单道移液器 | 1 unit | 商城订购 |
4382 | 0.5-10ul单道移液器 | 1 unit | 商城订购 |
221-R-C-10S | 0.5-10ul 盒装灭菌吸头 | 96支/盒,10盒/组,5组/箱 | 商城订购 |
货号 | 名称 | 单位 | 购买 |
---|---|---|---|
M0544S | NEBNext® Ultra™ II Q5® 预混液 | 50 rxns | 商城订购 |
M0544L | NEBNext® Ultra™ II Q5® 预混液 | 250 rxns | 商城订购 |