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空间组学研究新突破!QCL-MIR让 “快速” 与 “深度” 不再二选一

版权所有,转载请联系基因市场部
2025-08-04

空间组学旨在解析生物分子在组织中的空间分布,为疾病机制研究和标志物发现提供关键线索。其中,基质辅助激光解吸/电离(MALDI)质谱成像(MSI)是核心技术之一,可实现脂质、代谢物等分子的无标记空间可视化。但传统 MSI 存在显著局限:若追求全组织快速扫描,会牺牲分子鉴定的深度(如无法区分同分异构体、缺乏碎片信息);若要实现高精度分子解析(如串联质谱碎片化),则需耗费数小时甚至数天,且数据量庞大难以处理。

为突破这一困境,研究团队提出 “引导式成像” 思路:利用一种快速、无标记的成像技术先定位组织中的高价值区域(如病灶、特定细胞群),再让 MSI 聚焦这些区域进行深度分析。量子级联激光中红外成像技术(QCL-MIR)恰好满足这一需求 —— 其凭借高功率密度及高扫描速度,可在 10 分钟内完成 500 万个像素的扫描,且无需标记样本,能在不损伤组织的前提下,通过脂质、蛋白质的特征振动峰(如 CH₂弯曲振动 1466 cm⁻¹、C=O 伸缩振动 1742 cm⁻¹)勾勒出分子分布轮廓,为 MSI 提供精准 “导航”。

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该研究发表于《Nature Communications》,核心创新在于将量子级联激光中红外成像显微镜(QCL-MIR 成像)与基质辅助激光解吸电离质谱成像(MALDI-MS 成像)结合,构建了一套 “快速定位 - 深度分析” 的空间组学研究方案(图1),解决了传统质谱成像在数据采集速度与分子鉴定深度之间的矛盾,为复杂生物样本的空间脂质组学分析提供了全新工具。研究团队通过多个生物模型验证了该技术的实力,从细胞到疾病模型均有突破性发现。

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图1.激光红外成像通过空间上的引导锁定质谱成像的数据采集区域。(i)基于量子级联激光器的红外成像显微镜概述,以及激光红外成像引导质谱成像的具体流程。(ii)通过对光谱吸光度值进行二阶导运算,找出1466cm−1(CH弯曲振动)和1742cm−1(C=O振动)这两个特征峰来区分小脑纤维束(FT)和颗粒层(GL)。(iii)基于所选特征峰得到的分布图像和目标测试区域定义。(iv)基于单波数(1656cm-1)得到的参考图像。(v)基于所有高光谱数据集得到的图像与基于1656cm-1单波数得到的参考图像叠加显示。(vi)通过iprm-PASEF对锁定的小脑目标测试区域进行质谱成像。

文献解析


01

精准定位微小组织区域,实现效率与深度

双提升

在 3D 细胞球体模型中,QCL-MIR 展现了强大的区分能力:在由成纤维细胞(CCD-1137Sk)和结肠癌细胞(HT-29)组成的双培养球体中,QCL-MIR 通过 1466 cm⁻¹(CH₂振动)和 1742 cm⁻¹(C=O 振动)的光谱差异,精准区分出成纤维细胞核心与癌细胞外层,与 MALDI 免疫组化结果完全吻合。后续 MSI 分析发现:癌细胞中磷脂酰肌醇(PI 34:1)富集,而成纤维细胞中溶血磷脂(LPI 18:0)含量更高,揭示了肿瘤微环境中脂质代谢的差异化重塑。

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图2.对 CCD−1137Sk 成纤维细胞/HT-29 癌细胞共培养(BCF)体系与单细胞成纤维细胞培养(MCF)球体的多模态比较。


而在肾脏肾小球的分析中,QCL-MIR展现了效率提升的能力:QCL-MIR 成像技术通过对特征峰 1720 cm⁻¹ 进行积分识别出肾脏肾小球区域,引导 MSI 聚焦分析(图3)。值得注意的是,该方法将数据采集时间减少 95%(从全组织的 216,411 像素缩减至 8483 像素),却仍通过离子迁移串联质谱(iprm-PASEF)精准鉴定出 10 种神经节苷脂,且空间分布与已知功能区域高度一致。这意味着研究者可在相同时间内,获得比传统方法更丰富的分子细节。

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图3.ARSA−/−小鼠肾脏的MIR(i)及离子图像(ii)

02

QCL-MIR 成像引导MSI实现脂质组学分析

为验证技术的准确性,研究团队选择了芳基硫酸酯酶 A 缺陷(ARSA−/−)的小鼠作为模型 —— 这类小鼠因代谢缺陷,肾脏会特异性积累硫脂,是天然的 “分子参照物”。

QCL-MIR成像技术通过对特征峰 988 cm⁻¹(硫脂头部基团)和 1466 cm⁻¹(CH₂弯曲振动)进行积分,精准定位硫脂富集的外髓质内带(ISOM)和内髓质 / 乳头(IMP)区域。结合 timsTOF-MSI 和 iprm-PASEF 技术,最终鉴定出 157 种硫脂,涵盖 SM4、SM3、SM2a 等 6 个亚类。

其中,最令人瞩目的是对几乎等质量的硫脂的区分:偶数链硫脂(SM4 38:2;O3,m/z 848.557)与奇数链硫脂(SM4 39:1;O2,m/z 848.591)质量差异极小,传统 MSI 无法区分,但 QCL-MIR 引导的离子迁移分离(480 ms 长梯度时间)实现了基线分离,再通过 iprm-PASEF 获得特异性碎片图谱,最终明确鉴定。

将 MSI 结果与 4D-LC-TIMS-MS 进行对比,发现两种方法鉴定的 SM4、SM3 硫脂数量相当,部分亚类(如 SM1a/b)的鉴定甚至更优,证实了该技术的可靠性。

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 图4. QCL-MIR 成像引导TIMS-MSI 对 ARSA -/- 小鼠肾脏中的硫脂进行分析。

03

破解 “结构 - 离子迁移率” 规律,优化预测

算法

离子迁移率(CCS)是鉴定分子结构的关键参数,但现有预测模型(如 LipidCCS、DeepCCS)的预测结果与实验值偏差较大(图5)。研究团队利用 QCL-MIR引导 MSI 获得的海量硫脂数据,系统分析了分子结构与 CCS 的关系。 

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图5.实验所得CCS值与模型预测CCS值的比较


研究发现:硫脂的糖基化程度、脂肪酸链长度、α- OH修饰均显著影响 CCS 值。此外,脂肪酸双键的顺式结构会使 CCS 值降低 1.3±0.2 Ų。总体而言,研究全面概述了六种不同硫脂类别的 CCS 行为(表 2)。这些发现为优化离子迁移率预测算法提供了直接实验依据,让未来的分子鉴定更精准。

表2.各硫脂亚类与结构-CCS 关系的相对值

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04

锁定多发性硬化模型的“脂质标志物”

为展示临床价值,研究团队将技术应用于实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠 —— 这是人类多发性硬化的经典模型。QCL-MIR 通过 1466 cm⁻¹ 的光谱变化,快速识别出 EAE 小鼠脊髓的白质病变区域,其信号与 H&E 染色的病理结果高度一致(图6)。

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 图6.QCL-MIR 成像引导 TIMS-MSI 分析EAE小鼠脊髓白质中的脂质重塑。


后续 MSI 深度分析发现,病变区域中神经酰胺 - 1 - 磷酸(CerP 34:1)和神经酰胺磷脂乙醇胺(CerPE 36:1)的含量较正常组织上调 25 倍以上。其中,CerP 已知与髓鞘损伤相关,而 CerPE 此前研究较少,其高富集提示可能参与谷氨酸稳态调控(与多发性硬化的兴奋性毒性相关),这一发现为多发性硬化的早期诊断和治疗靶点提供了全新线索。此外,磷脂酰肌醇(PI 38:4)的上调可能通过释放花生四烯酸促进炎症,为理解炎症相关脂质重塑及疾病机制研究提供了新方向。

QCL-MIR :空间组学的 “未来引擎”


QCL -MIR引导MSI是“精准导航 + 深度分析” 的完美结合:既保持中红外成像的快速、无标记优势,又通过聚焦 ROI 让 MSI 效率提升 20 倍以上,同时实现脂质的精准鉴定。其应用范围覆盖单细胞分析、3D 细胞模型、疾病标志物发现等多个领域,未来有望成为空间组学的 “标配工具”,推动精准医学和分子生物学研究迈向新高度。

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