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【文献速递】一大波高精准长读长RNA测序文献解读来啦！
前言 长读长测序领域的最新研究成果，使HiFi长读长RNA测序技术的应用价值得到进一步凸显。本文系统呈现了Iso-Seq技术与Kinnex试剂盒的最新进展，涵盖高可信度异构体定量、复杂样本转录组注释等方向的突破性进展。同时，亦阐明长读长测序技术如何有效突破短读长技术的固有局限，充分印证了分辨率对研究深度的决定性作用。 PacBio高精度长读长RNA测序在转录本定量中的系统性基准研究 在这篇研究中，苏黎世大学、弗吉尼亚大学、柏林健康研究所及PacBio的研究人员证实“PacBio Kinnex是可靠的转录组分析方法”。 研究亮点 构建了最大规模的PacBio长读长RNA测序(PB lrRNA-seq)数据集之一（表征诱导多能干细胞向原始内皮细胞的分化过程），并与Illumina短读长RNA测序进行样本配对，从而进行严谨的基准测试，以表征不同平台间的定量准确性。 PacBio和Illumina的定量结果高度一致，在基因水平上皮尔逊相关系数超过0.9，在转录本水平上接近0.9...表明两种平台都能可靠地定量转录本。 与Illumina相比，PacBio表现出更稳定可靠的定量，具体表现为"Illumina短读长数据对同一转录本的丰度估计在重复样本间波动更大...而PacBio则很大程度上避免了推断变异性问题"。Illumina定量中由推断波动性导致的不稳定性影响了下游分析。Illumina短读长的技术局限导致其对复杂基因的定量不可靠，具体表现为重复样本间的转录本翻转，或表达量在多个相似转录本间的分配。 基于长读长RNA测序的SNP检测、单倍型定相及等位基因特异性分析 来自丹娜-法伯癌症研究所和哈佛医学院的研究人员开发了一款新的生物信息学工具，并完成了对202个人类泛基因组参考联盟（HPRC）Kinnex数据集的分析。 研究亮点 推出longcallR工具，可联合完成长读长RNA测序数据的SNP calling、单倍型定相及等位基因特异性分析。 基因组对照联盟（GIAB）样本测试显示，PacBio Kinnex（“MAS”）的SNP检测性能显著优于ONT测序，真阳性（TP）SNP数量约为其三倍。 对202个HPRC Kinnex数据集分析发现，平均每个样本有88个显著的等位基因特异性剪接事件，46%涉及未注释连接点。 HiFi测序再次优于ONT，真阳性变异检出量为其三倍，印证了其在精准等位基因特异性剪接分析中的优势，助力更可靠地关联遗传变异与基因功能及疾病。同时也展示了HPRC近期发布的大规模Kinnex数据集之一。 单个卵母细胞全长异构体测序揭示转座子对卵母细胞成熟过程中RNA多样性及稳定性的影响 来自北京大学的科研人员揭示了卵母细胞中RNA异构体的复杂性与多样性。 研究亮点 因人类卵母细胞样本稀缺及NGS短读长限制，相关转录本分析及人鼠对比研究可能被低估。 Iso-Seq获得的转录本质量显著优于NGS与GENCODE组装结果，检测到丰富异构体多样性，约40%为GENCODE未注释的新转录本。 超25%的新发现NNC（目录外新）异构体来源于转座子。此前因转座子重复性及NGS短读长限制，其对转录组的贡献的研究进展艰难。 证实单个卵母细胞全长异构体测序在表征与定量上具备高通量、高敏感性及完整性。 全面了解转录本多样性是完整认知发育的关键。在斑马鱼、小鼠和人类研究中，Iso-Seq揭示短读长测序遗漏的近半数异构体图谱，满足复杂生物学研究需求。PacBio的Kinnex搭配Revio可实现高通量全长RNA测序，适用于于单卵母细胞等低起始量样本，Vega则为异构体发现提供经济选择。 TX2P：一种用于综合转录本分析的蛋白质基因组学工具 来自伦敦大学学院和剑桥大学的研究人员开发了一款工具，可整合转录组学与蛋白质组学数据，关联RNA研究发现与蛋白质功能。 研究亮点 能从转录本序列预测开放阅读框（ORFs），并整合质谱数据。 分析人类脑组织样本长读长测序转录本结构，结合脑相关质谱数据集，发现疾病相关基因中新型开放阅读框的翻译证据。 聚焦556个与早发性及综合征性癫痫相关的独特基因，Iso-Seq检测到4341个新转录本，预测出1978个独特ORFs，质谱识别出514个对应新肽段，为17.2%转录本(745/4341)及18.0%ORFs(365/1978)的翻译提供证据。 这些基因均与人类疾病相关，其注释是诊断基础，注释错误或不完整可能会忽略具有临床意义的异构体。更加印证了发现新异构体进一步完善注释对改进诊断与治疗策略的必要性。 Iso-Seq是蛋白质组学研究的基石，提供短读长技术无法解析的全长转录本，大幅提升异构体识别准确性。结合TX2P等工具，科研人员可大规模验证研究结果，使Iso-Seq成为解码人类蛋白质组、推进精准医学的核心驱动力。 准备好开启您的探索之旅了吗？ 本期亮点包括迄今规模最大的严格基准测试，涵盖200余个HPRC样本、疾病相关基因的蛋白质基因组学整合分析、以及与短读长平台的直接对比，全方位彰显了HiFi测序的显著优势，充分印证了Iso-Seq与Kinnex作为科研首选工具的价值，能够助力研究者突破注释不完整与定量不可靠的瓶颈。 高通量全长转录本数据是破解生物与医学核心问题的关键。随着适配Revio与Vega平台的可扩展、易操作的Kinnex试剂盒普及，更多实验室将能开展高分辨率分析。让我们携手以技术驱动突破，共探生命科学无限可能！ 如果您感兴趣，可扫描右侧二维码联系产品经理，也可联系您身边的基因人~ 关于基因 基因有限公司成立于1992年，是一家提供生命科学科研仪器、试剂耗材和技术服务的综合服务商。基于“Gene Brightens Every Life • BioTech Connects the World”——“基因燃亮生命 • 生物技术连接世界”的愿景，专注于生命科学领域前沿技术的引进和推广，致力于推动该领域国内科研机构硬件水平及实验方案的革新与升级。同时，公司也一直致力于自主品牌的科研设备的研发与生产，拥有一系列通用性强、互补性高的自主品牌产品。 基因的服务网络遍及全国各地十多个大中城市，拥有包括仪器销售，试剂销售，市场与技术支持，维修，客服，物流等多个部门组成的完整服务体系。 我们希望通过不懈努力，为您的成功铺路搭桥，也为中国的生命科学事业赶超世界先进水平尽一己之力。欲了解更多信息，请访问www.genecompany.cn。
