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PacBio Revio宏基因组 + Kinnex 16S 数据发布展示了革命性的微生物组研究能力
微生物学构成了现代遗传学和生物技术的基石。无论是基础科学、生物可再生能源开发、药物发现还是人类健康——地球上最小的生物体在更大的图景中发挥着关键作用。即便如此，大多数微生物仍然不为科学家所知。这就是为什么尖端微生物生态学和宏基因组学研究试图揭示这个隐藏的大多数的生物学秘密。但我们如何去理解这些迄今为止我们难以详细观察到的东西呢？答案还是通过测序，真正好的测序。
HiFi 测序带来突破性的微生物组发现
PacBio 长读长测序系统生成的HiFi reads使微生物学家能够以全新水平的信息密度和发现潜力研究宏基因组数据。通过利用平均长度高达 20 kb 的reads和 >Q30 的准确度，PacBio HiFi 用户可以获得生成参考质量宏基因组组装 (MAG) 所需的连续性和完整性。即使对于丰度非常低的微生物类群也是如此。与此同时，HiFi 鸟枪法宏基因组测序可产生极其精确的分类图谱，同时生成比短读长测序方案更丰富的功能信息。HiFi 测序用户还可以利用长读长以高分类分辨率分析全长 16S rRNA 扩增子。
Kinnex 16S 提供了非凡的微生物组成分辨率
更多数据！更多价值！更多见解！
基于Sequel II/Revio系统的Kinnex 16S解决方案使得PacBio再次改变了微生物生态学和宏基因组学的游戏规则。现在PacBio 推出了适用于 PacBio 长读长测序平台的Kinnex 16S rRNA 试剂盒。这一令人兴奋的全新配套解决方案使微生物学家能够使用Sequel II、Sequel IIe和Revio系统将 16S 测序数据量提高近10倍！Kinnex 16S rRNA 试剂盒是一种基于MAS-Seq 方法的多功能通量增强解决方案，由麻省理工学院和哈佛大学Broad研究所的科学家开发。Kinnex 16S rRNA 的工作原理是利用非常长的 HiFi 读长，将多个全长 16S 扩增子连接成单个分子。通量的大幅提升使得全长 16S HiFi 测序具有高可扩展性，并且更加经济实惠，同时提供非凡的微生物分类分辨率。
PacBio 宏基因组演示数据集和分析方法
在过去几年中，PacBio与生物医学研究产品领先开发商Zymo Research密切合作，利用 TruMatrix 技术表征的 ZymoBIOMICS 粪便参考。这种经过严格开发的样品是用于人类肠道微生物组的基准测试和对照研究的领先参考标准。
PacBio 和 Zymo Research 之间的合作重点是通过组合数据集和合并 MAG 方法进行宏基因组组装和 MAG 复原。测序在 Revio 和 Sequel IIe 平台上进行。然后使用hifiasm-meta组装 HiFi reads ，并使用两种方法（HiFi-MAG-Pipeline以及 Phase Genomics 的 ProxiMeta）对组装的重叠群进行分箱（图 1）；对于16S rRNA数据，则使用PacBio pb-16S-nf 流程进行分析。
图 1. 合并生物信息学工作流程，用于使用 TruMatrix 技术从 ZymoBIOMICS Fecal Reference 生成宏基因组组装的基因组数据集。
结果示例 图 2. 使用 PacBio HiFi 宏基因组测序分析 ZymoBIOMICS 粪便参考期间组装的高质量 MAGS (HQ-MAG) 和中等质量 MAGS (MQ-MAG) 总数。使用 HiFi-MAG-Pipeline、Proximeta 和图 1 中概述的合并方法来识别 MAG。在 Sequel IIe 和 Revio 系统上对参考样本进行了单独研究。将这两个独立实验的结果结合起来，创建了在此 Zymo 参考样本中发现的全部独特 MAG 的目录。
表 1. 在 Sequel IIe 和 Revio 平台上分析的 ZymoBIOMICS Fecal Reference 的 Kinnex 16S 性能指标。
表 2. ZymoBIOMICS Fecal Reference 的鸟枪法宏基因组数据指标
PacBio宏基因组演示数据集可以在以下网址进行下载： https://www.pacb.com/connect/datasets/#metagenomics-datasets *PacBio 产品仅供研究使用。不用于临床诊断。 欲了解更多产品信息，请扫码添加产品经理企业微信。 基因有限公司作为PacBio公司中国区合作伙伴，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。 关于基因 基因有限公司成立于1992年，是一家提供生命科学科研仪器、试剂耗材和技术服务的综合服务商。基于“Gene Brightens Every Life • BioTech Connects the World”——“基因燃亮生命 • 生物技术连接世界”的愿景，专注于生命科学领域前沿技术的引进和推广，致力于推动该领域国内科研机构硬件水平及实验方案的革新与升级。同时，公司也一直致力于自主品牌的科研设备的研发与生产，拥有一系列通用性强、互补性高的自主品牌产品。 基因的服务网络遍及全国各地十多个大中城市，拥有包括仪器销售，试剂销售，市场与技术支持，维修，客服，物流等多个部门组成的完整服务体系。 我们希望通过不懈努力，为您的成功铺路搭桥，也为中国的生命科学事业赶超世界先进水平尽一己之力。欲了解更多信息，请访问www.genecompany.cn。
