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空间转录组精彩贺新春

版权所有,转载请联系基因市场部
2022-01-19

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虎年新春即将到来之际,我们整理了近期空间转录组精彩论文包恭贺大家新春快乐,如虎添翼,虎虎生威!欢迎感兴趣的研究者来基因集团上海贝晶生物,10XGenomics官方认证过的服务商合作进行空间转录组实验检测及生物信息学分析。

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《Cell》重磅发布:与16种实体瘤临床相关的细胞状态及生态系统图谱


众所周知在癌症中,肿瘤由复杂相互作用的细胞群体形成强大信号网络而引发。 针对这些网络的靶向策略正在改善癌症治疗,免疫检查点抑制剂(ICIs)在多种晚期实体瘤中的成功就是一个例证。 然而,对ICIs目前的反应率还很不一样,大多数实体瘤患者未能实现长期的临床受益。 对肿瘤相关细胞状态、相互作用模式及其对临床结果影响的全面了解,将为疾病管理和治疗干预提供新的机会。 


《Cell》重磅发布的《人实体瘤临床的不同细胞状态及生态图谱》为此带来了福音。与之前报道的针对单一肿瘤类型,中小规模的样本群体以及少量的表型标记体系相比,该文综合单细胞测序,空间转录组测序以及影像等等技术平台设计并建立了一套在兼具单细胞分辨率及空间维度同时能够大规模批量解析不同肿瘤来源样本的系统“EcoTyper”。用该系统对近6000例共16种不同的人的实体瘤中12种主要细胞谱系进行数据解析,鉴定出了69种转录层面的细胞状态, 其中多数为普遍存在于各种肿瘤中的肿瘤特异性状态,而且有显著的预后。进一步对这些协同模式联合分析后,发现了10个临床上明细不同而又很保守的多细胞群落,其中3个具有与不良生存相关的髓系和间质元素,1个在正常组织中富集,2个与早期癌症发展相关。 该研究不仅阐明了人类癌症细胞组织构架的基本单位,为临床治疗预后提供全面信息,也为所有组织中细胞生态系统的大规模高精图谱提供了框架。


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其它精彩文献集锦


时间

期刊

文献

分类

物种

组织

11月

Nature Methods

用Tangram方法深度校调空间维度解析的单细胞转录组

细胞图谱

小鼠

11月

Hepatology Communications

人类肝脏的单细胞、单核和空间RNA测序确定了胆管细胞和间叶细胞的异质性  

细胞图谱

10月

Nature 

Communications

Her2阳性乳腺癌的空间反褶积阐述肿瘤相关细胞类型的相互作用

肿瘤

乳腺癌

10月

Cancer 

Research

神经母细胞瘤的形成需要非常规的CD4 T细胞和依赖精氨酸酶-1的

骨髓细胞 

肿瘤

小鼠

神经

10月

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of 

America

空间转录组学揭示了感觉神经通过调节

BMP/TGF-β

信号通路在保持颅缝开放中的作用  

发育

小鼠


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