DIA质谱方法定量MMI激光显微切割获得的肿瘤活检FFPE样本蛋白水平用于分子诊断   

Yeoum等通过MMI CellCut激光显微切割系统从12位肠胃癌患者活检组织FFPE样本中切割捕获肿瘤细胞，经过热处理、胰酶消化等步骤上质谱仪检测。发现12份肿瘤活检组织表达了癌症基因组数据库中列出的201个癌症生物标志物中的40个。不同病人蛋白组学表达有差异。mRNA-蛋白质相关性与之前针对冰冻组织样本进行的研究结果保持一致。12名患者的3429个蛋白质-mRNA对的蛋白质和 mRNA 的相关性与先前报道的TCGA项目中对新鲜冷冻肿瘤组织的研究一致。

肿瘤FFPE活检组织蛋白组学前处理流程：

DIA蛋白质谱分析结果：

12份肿瘤活检组织表达了癌症基因组数据库中列出的201个癌症生物标志物中的40个

12份活检样本的3713种蛋白质的聚类分析

CRC(肠癌样本)有15种蛋白显著高表达

A图显示12名患者的3429个蛋白质-mRNA对的蛋白质和mRNA的整体相关性；B图显示12名患者中每个蛋白质-mRNA对之间的Spearman相关系数的Geneset富集分析。显示了具有与高蛋白质-mRNA相关性（高GSEA评分）或低蛋白质-mRNA相关性相关联的最低FDR (<0.05)的8个基因集。

12名患者的3429个蛋白质-mRNA对的蛋白质和mRNA的相关性。Spearman相关系数范围从-0.71到0.97，中位数为0.31。这一结果与先前报道的TCGA项目中对新鲜冷冻肿瘤组织的研究一致。

本文基于DIA-MS方法对肿瘤活检FFPE样本的蛋白组学定量研究有助于发现新的蛋白生物标志物和治疗靶点。DIA-MS与激光显微切割技术相结合，保证了样本均质性，实现了良好的覆盖深度(蛋白拷贝数5个数量级)。

空间蛋白组学方案

空间蛋白组学方案主要设备配套——MMI CellCut激光显微切割系统

系统适用样本类型：

•冰冻切片

•FFPE样本

•动/植物物种

系统适用应用领域:

•肿瘤学

•神经生物学

•发育生物学(动植物、真菌)

•免疫学

•代谢

•生殖

•Biofilm生物膜等

更多空间组学应用场景：

空间蛋白组学方案主要设备配套——Covaris LE220 Plus聚焦式超声系统

AFA技术特点：

• 0.5MHz高频声波，降低产热
  

• 几何式聚焦，能量集中可控

• 非接触式样本处理，避免交叉污染

• 低功耗，延长仪器使用寿命

• 声学优化的样品管及水浴系统维持恒定低温

从组织/细胞到注射用肽和LCMS的工作流程示意图

参考文献

[1] Yeoum, etal. Data-independent acquisition mass spectrometry to quantify protein levels in FFPE tumor biopsies for molecular diagnostics. J Proteome Res. 2019.18(1): 426–435

[2]Torsten, et al. Automated sample preparation with SP3 for low-input clinical proteomics.Mol Syst Biol. (2020) 16: e9111

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