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空间转录组服务兼容FFPE样本啦

2021-07-28

引言：

Visium空间转录组方案的推出大大促进了转录组学向空间维度的探索，迄今已经发表了数十篇高质量的文献，其首推系列的样本为冰冻组织切片。而众所周知，医学上保留了丰富临床信息的组织样本更多为FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）样本，很多追溯性的研究都取材于FFPE组织样本。一直以来，FFPE样本中的RNA保存程度对转录组学研究都是个非常大的挑战，现在终于在这块儿有了令人振奋的技术突破，Visium空间转录组系列新推出针对FFPE样本的兼容方案了，基因集团上海贝晶生物作为10XGenomics官方认证过的服务商也将给大家提供全流程的实验及生信分析服务！

下面我们来看看该方案是如何巧妙解决FFPE样本中不完整的RNA检测难点的：

特异性探针对设计

专门针对编码蛋白的基因的保守序列设计特异性探针对捕获样本中的RNA，并连上polyA尾，这样即使样本中RNA有部分降解，也能如冰冻切片样本一样通过芯片探针的PolydT进行捕获后续检测了（详见以下图示）。

目前，针对人的样本选取了约18000个编码基因，小鼠的样本约20000个编码基因进行设计检测，重要基因一网打进！

官方公布的测试组织样本包括前列腺，大肠，淋巴节，脑，脾，肺以及肺癌，乳腺癌，结肠癌，卵巢癌，宫颈癌等等多种FFPE组织，更多组织持续测试中。

特色技术服务

基因集团上海贝晶生物技术有限公司（简称贝晶生物）作为Visium空间转录组方案厂家认证的中国服务商,十多年来一直致力于转录组服务及相关数据分析，为未来深度挖掘多组学空间结构信息打下坚实基础,服务用户发了很多高质量的论文，不乏在署名作者以及致谢中提及我司及生信人员的例子。

贝晶生物空间转录组生信分析，在秉承官方的数据分析基础上超越与拓展更多的分析包含在基础套餐中提供给用户：

1基于整体转录组的聚类（优化聚类算法）

2基于基因水平的聚类特色分析（共表达分析）

3.基于空间信息的差异基因检出特色分析

如果您从事肿瘤、免疫、发育生物学、神经科学、病理学等方面研究，想更全面了解Visium空间转录组，请您联系身边的基因人索取空间转录组服务手册及相关文献。

完善的实验平台——官方推荐认可的仪器设备及试剂

优秀的技术团队——资深实验团队以及具备自主研发软件的生信团队

一站式的服务——提供从质控，组织切片、染色、透化、文库构建、测序到数据分析以及结果可视化的全程服务

Let Professionals Serve Professionals！

基因有限公司/上海贝晶生物技术公司邮箱：

order@genecompany.com（基因）

info@baygene.com（贝晶）