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胶&PCR产物纯化试剂盒的小秘密

版权所有,转载请联系基因市场部
2021-07-23

从凝胶中回收核酸或者从PCR产物中纯化DNA已经成了分子实验中不可或缺的环节。为了方便快捷,大部分实验者会选择试剂盒来完成核酸的处理。超高频率的使用次数,成就了彼此的熟悉。

难道我们对于PCR产物或者胶回收试剂盒家族真的那么熟悉吗?

下方列的几点您看您熟悉几条?

Q1

 胶回收试剂盒和PCR产物回收试剂盒必须是分开独立的盒子吗?

非也。


目前有很多品牌的试剂盒都可以做到胶回收和PCR产物纯化共用一套试剂盒。比如来自MACHEREY-NAGEL 品牌NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up;来自Promega 品牌Wizard® SV Gel and PCR Clean-Up等。

胶和PCR产物纯化共用一个试剂盒,并不是把分开独立的两个试剂盒组份叠加到一个试剂盒里面,而是一款结合buffer即可以处理凝胶也可以用于PCR产物纯化。

如下方截图:

图片
图片来自德国MN产物纯化试剂盒

Q2

 试剂盒可回收的核酸片段范围是固定的吗?

非也。


胶回收试剂盒里面有一种buffer,名字为结合buffer(Binding buffer)。可回收片段的大小可通过结合buffer的比例来调节。需要回收的片段范围越小,结合buffer添加的比例越大。

如下图显示了不同结合buffer 稀释比例纯化结果:

纯的结合buffer(lane3)和50% 结合buffer(lane4)对PCR 产物梯度ladder可100%回收。增加结合 buffer的稀释比例,将会出现片段筛选情况,短片段会被筛选掉。

图片

Lane 1: GeneRuler 100 bp DNA Ladder (MBI Fermentas)

Lane 2: DNA ladder input (21 base primer, 50, 65, 79, 100, 164, 359, 645

and 982 bp fragment) amplified using Biotaq DNA Polymerase (Bioline)

Lane 3: Purification with 100 % Buffer NTI

Lane 4–12: Purification with Buffer NTI diluted with 1–9 volumes of water

Q3

试剂盒的回收效率是不变的吗?

非也。


目前较多的胶回收试剂盒用的是硅胶膜,随着DNA片段长度的增加,与二氧化硅的硅-羟基相互作用的强度也随之增加。因此与只有几百个碱基对的小DNA相比,有几千个碱基对的大DNA结合更强,更难洗脱,回收率也会较低。此外,大于20kbp的碎片可能还会因通过膜的快速离心而被机械损坏掉,建议使用氧化硅基质方式如:NucleoTrap® 或NucleoTraP®CR。

来自MACHEREY-NAGEL品牌NucleoSpin® Gel and PCR Clean‑up试剂盒回收片段范围在50bp-20kpb,回收结果如下:

图片

Q4

PCR产物&胶回收试剂盒,除了回收双链DNA、琼脂糖胶外,还有其它用途吗?

答案是肯定的。


一款好的核酸回收试剂盒,既能用于dsDNA,也可以用于ssDNA、RNA、富含SDS DNA(如ChIP 产物)等产物纯化;既可以用于普通琼脂糖凝胶回收,又可以用于丙烯酰胺胶回收。并且针对不同的应用领域有专门的protocol:

图片

Q5

除了离心机,还有别的装置或者设备用于PCR产物&胶回收试剂盒?


有的。


如果您嫌离心机的通量不够高,可以试试下方的真空抽滤装置,一次可以完成24个样本的液体过滤。

图片


推荐试剂盒

德国核酸纯化专家MACHEREY-NAGEL 有满足不同需求的NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up 试剂盒系列。


特点:

一盒多用途;

回收效率高(70%-95%);

回收片段范围更宽泛(50bp-20Kbp)。


具体参数如下:

图片

订购信息:

图片


基因有限公司作为MACHEREY-NAGEL的全国一级代理,可为您提供针对不同类型样本,例如血液、组织细胞、植物、真菌、土壤、粪便等的DNA和RNA核酸抽提解决方案。




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