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TapeStation自动化电泳系统，让您实现快速可靠的cfDNA样本质控
Cell-free DNA（以下简称cfDNA）是与健康相关的重要的生物标志物。随着二代测序技术低样本量文库制备技术的发展，cfDNA的测序成为可能。但是由于其低得率和片段大小的复杂性，cfDNA的测序仍是二代测序的挑战。因此，对cfDNA的质控就显得尤为重要。
为确保下游文库制备有足够的上样量，对cfDNA的浓度测定是必须的。传统的进行cfDNA浓度测定的方法主要是荧光法（如Qubit），但是这种方法只能得到total DNA的浓度，无法区分cfDNA亚组分和可能存在的高分子量DNA。而高分子量DNA污染也会影响下游的文库产量和测序质量。
4150 TapeStation/4200 TapeStation自动化电泳系统结合Cell-free DNA ScreenTape assay可以获得除去高分子量DNA污染后的cfDNA亚组份的浓度以及%cfDNA即cfDNA占总DNA的百分比，让您轻松实现对cfDNA的精确质控。
滑动查看更多图片 Agilent 4150/4200 TapeStation自动化电泳系统采用全自动样品处理和ScreenTape预制胶技术，让您实现简单、快速的自动化电泳。 选择合适的ScreenTape胶条，将放置于8连管或96孔板的样品、胶条放进仪器，点击运行，之后的所有的移液、加样、检测工作均由系统自动完成。仅需1~2ul样品，仅需1~2分钟时间即可获得一个样品的结果。 更多关于Agilent 4150/4200 TapeStation的介绍，请见往期链接： 4150/4200对cfDNA的质控表现 为了验证4150和4200 TapeStation对cfDNA含量百分比测定的准确性和重复性，将不同比例的片段化的gDNA掺入到cfDNA含量为85%的标准品中，形成梯度为10%cfDNA~85%cfDNA标准品。采用Cell-free DNA ScreenTape assay进行检测，每个梯度进行24次重复，将TapeStation给出的%cfDNA值与理论值相比较。结果显示，对cfDNA含量百分比的实测值与理论值线性相关性R²高达0.993（如图一）。平均准确性偏差为3.8%，平均重复性CV为3.3%。表明%cfDNA可以准确的反应cfDNA在总DNA中的含量百分比。 图一 采用Cell-free DNA ScreenTape assay可检测低至20pg/μL的single peak。为了验证其检测灵敏度，分别对20pg/μL的200bp的DNA片段（蓝色）和20pg/μL的cfDNA（红色）进行检测，每个样品5个重复。结果显示，无论是DNA片段还是cfDNA样品，均可明显观察到区别于背景的峰，且其荧光信号与背景信号的比值即信噪比（S/N）均大于3（如图二），表明可以检测低至20pg/μL的片段或cfDNA。 图二 Cell-free DNA ScreenTape assay通过自动化电泳根据分子量大小进行cfDNA的分离。可以获得获得除去高分量DNA污染外的cfDNA亚组份的浓度。其线性定量范围为100~4000pg/μL。 为了验证Cell-free DNA ScreenTape assay对cfDNA浓度测定的准确性和重复性，将cfDNA稀释成浓度范围为200~4000pg/μL的标准品，分别用Qubit（n=3）、4150（n=24）和4200（n=24）进行检测，结果显示，4150和4200 TapeStation测得结果与Qubit表现出高度一致性，R²接近于1（如图三），表明可以准确的检测200~4000pg/μL范围的cfDNA的浓度。浓度测定重复性CV值均小于9%（如图四），表明在此范围内对cfDNA浓度的检测具有很好的重复性。 图三 图四 Cell-free DNA ScreenTape assay可实现50~800bp范围的片段的分析。为了验证其对片段大小测定的准确性，将3组含有10个不同分子量大小的片段（分子量介于50~700bp）的DNA ladder作为样品分别进行检测（n=175）。结果显示，对DNA片段检测的准确性偏差小于4%，重复性CV小于3%（如图五）。表明在可对此范围内的片段实现准确、可重复的分子量大小检测。 图五 扫码添加技术人员企业微信，了解更多产品信息 往期链接：一分钟教你玩转自动化电泳
