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2小时可得到长达200Kbp的核酸,看看如何实现的吧?

版权所有,转载请联系基因市场部
2021-01-08

 PacBio Sequel II试剂更新至2.0版本,平均读长提高了50%,HiFi文库的插入片段长度提升至15-20Kb,从而更好的支持基因组从头组装。对于好多的测序者来说,怎样得到顺应三代长读长测序的核酸?

        很多三代测序核酸抽提者不得不依赖于酚:氯仿提取法、盐析法、核分离-琼脂糖包埋法或者通过使用各种硅胶膜试剂盒和磁珠法试剂来进行DNA提取。


     盐析法在提供高分子量DNA的同时,存在最重要的问题是纯度。由于缺乏柱膜纯化,提取出来的DNA往往有大量的污染物和抑制剂组份。盐析过程往往是冗长和耗时的。

      酚:氯仿萃取物含有有毒试剂,需要特殊的废物处理。

      硅胶膜和基于磁珠的纯化方法最重要的问题是DNA的完整性。离心力(硅胶膜提取方法)和频繁的吸液和混合(磁珠法)对DNA产生显著的剪切作用。因此,硅胶膜和磁珠纯化的DNA很少超过30 kbp,并且含有单链缺口,降低了HMW应用。

      核分离-琼脂糖包埋法效果不错。但是这个提取方法对技术的要求比较高,还需要后期的大片段核酸回复系统,对于一般的实验者来说很难实现的。此外这个方法的过程也很繁琐,大约需要1-2天的时间来完成大片段的制备。

——《方法论》



还有一种核酸纯化方法,集万千宠幸于一身。

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NucleoBond® HMW DNA kit

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01

片段长,最长可达200Kbp

       裂解液重力过柱,无需离心,减少了离心力对核酸的破碎作用,尽量保证核酸原生态,最长片段可达200kbp。

02

纯度高

       采用了阴离子交换色谱技术,对核酸下游应用有抑制作用的组分均被清除,核酸纯度较高。

03

样本类型广 

       相比以往的核酸抽提产品,这款产品几乎通吃所有的样本类型,并且允许更大的上样量,比如300mg微生物样本(革兰氏阴性阳性菌、酵母)、1.5g植物组织、300mg动物组织、2ml血液、107细胞等。

04

速度快

     包括裂解的时间,整个提取过程2h。


总结:


        试剂盒纯化出的核酸,顺其自然的满足长读长测序技术(如SMRT)和long‑range short‑read测序方法(如Linked-Reads数据的10X Genomics)。这款试剂盒也就成了基因组测序、基因组组装和基因簇克隆的合适选择。



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试剂盒操作流程:

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        对于较难提取的样本,这款试剂盒兼容NucleoSpin® Bead Tubes,进行样本的更充分匀浆;还兼容裂解前各种商业化酶。DNA 完整性要求高的时候,可以使用异丙醇沉淀DNA的方法提取;也可以使用NucleoSnap® Finishers 或 NucleoSpin® Finishers让DNA更快的脱盐和浓缩。

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应用数据

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大片段

官方结果:

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       DNA来自研磨方法匀浆的植物样本 Brassica sp.,使用NucleoBond® HMW DNA kit进行核酸纯化。提取后的DNA在 Femto Pulse 系统上面分析。如图所示,在117218 bp检测到主峰,最长片段可达200000 bp。

   客户demo结果:


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       DNA来自植物样本黄褐棉样品,使用NucleoBond® HMW DNA kit进行核酸纯化。如图所示,在164251 bp检测到主峰,最长片段可达200000 bp。


更长的subread

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       通过酶裂解的方式从HeLa细胞中纯化DNA,然后在PacBio RS II上进行Single Molecule Real Time (SMRT)测序分析。使用NucleoBond® HMW DNA (MN)提取的核酸和使用Q品牌 (kit P 和 kit M)试剂盒提取的核酸相比。


适用不同的样本类型并且得率和纯度较高

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        除了核酸的完整性,纯度和得率对于HMW DNA测序的影响也非常大。NucleoBond® HMW DNA 试剂盒提取不同的样本,得率对于测序试验已足够, 吸光度比值A260/A280 > 1.75 和A260/A230 > 2.00,表明样本纯度也很高。


客户demo结果:

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         DNA来自植物样本黄褐棉样品,使用NucleoBond® HMW DNA kit进行核酸纯化。


想试试这个NucleoBond® HMW DNA kit吗?

请扫描下方的二维码。

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    基因有限公司作为MACHEREY-NAGEL的全国一级代理,可为您提供针对不同类型样本,例如血液、组织细胞、植物、真菌、土壤、粪便等的DNA和RNA核酸抽提解决方案。详细产品资料可留言或联系身边基因人。





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