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基因组质控想要操作更简单,评估结果更客观? 看这里!

版权所有,转载请联系基因市场部
2020-11-02

确定初始基因组尤其是长期储存的样本库样本或纯化FFPE样本的基因组的完整性,是NGS测序以及比较基因组杂交(aCGH)等实验的关键步骤。

安捷伦4150/4200 TapeStation自动化电泳系统让您实现自动化、操作简单、快速、灵活通量、评估结果更客观的基因组质控。

基因有限公司为安捷伦中国区自动化电泳全线代理商

自动化、操作简单、快速

4150/4200 TapeStation自动化电泳系统采用全自动样品处理和ScreenTape预制胶技术。您只需选择合适的ScreenTape胶条,将放置于8连管或96孔板的样品、足够数量的胶条放进仪器,点击运行,之后的所有的移液、加样、更换胶条、检测等工作均由系统自动完成,每个样品的检测仅需1-2分钟。

通量灵活、成本恒定

4150/4200 TapeStation可实现1-16/1-96范围内任意数量的样本的检测。每个即开即用型的ScreenTape 胶条都包含 16 条泳道,运行时每个样品均在单独的泳道内进行分析,无交叉污染风险。仅使用了部分泳道的 ScreenTape 胶条还可以在后续继续使用,不仅通量灵活,而且可以实现单个样本成本恒定。

客观的、标准化的基因组质控

为了客观的评估gDNA的完整性,基于对约7000种不同真核来源的gDNA样品(包括血样、干血斑、唾液、无脊椎动物、不同的人类组织和FFPE样本等)的分析,安捷伦在Genomic DNA ScreenTape assay上开发了一种软件算法,这种算法可以可靠、重复的实现对DNA完整性的数值评估,表示为DNA Integrity Number(DIN),DIN的范围为1~10,数值越大代表基因组越完整。

Coriell Institute for Medical Research(以下简称Coriell)的生物样本库中心拥有着世界级的丰富的细胞系、DNA和其他生物材料资源。他们早期通过普通琼脂糖凝胶电泳人工判断储存的DNA的完整性。TapeStation的引入,让他们不再依赖于个人的经验,而是通过DIN实现对基因组更客观的质控。

Coriell 分别用传统琼脂糖凝胶电泳和TapeStation对原始的gDNA以及通过 EcoRⅠ和 HindⅢ 酶切的gDNA进行质控,结果显示DIN评分与人工判断的结果一致。

A为琼脂糖凝胶电泳图,B为TapeStation电泳图及DIN。(注:红色警示表示超出DIN检测范围,黄色警示表示上样过载)


Coriell 通过TapeStation对1990-2000年纯化的50个gDNA进行质控,结果显示DIN均在7.0以上(Coriell 认为DIN>7.0的是高质量样本),通过比较不同年份的样本的DIN,可以确定样本质量始终如一,表明储存条件非常好。

50个样本的TapeStation电泳图和DIN

不同年份的样本DIN比较

除了基因组质控,4150/4200 TapeStation 还可以用于NGS文库质控、cfDNA质控、RNA质控、PCR产物分析等。敬请关注后续更多精彩内容。

往期内容:如何实现大片段DNA的电泳和分析


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