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分享一个快速分析PCR产物的秘密武器

2020-08-21

面对大量基因敲除的植物样本，还在跑胶看电泳图做基因分型？Agilent ZAG DNA分析仪支持9块96孔板上样，每天可筛选数千个DNA片段，内置ProSize软件可以批量处理并标记目标样品，帮助大家轻松完成基因分型实验！

添加外源基因或敲除内源性基因是转基因技术的常用手段。根据所用的样本类型和方法，其效率可能有很大差异。为了判断转基因敲除的效率，一般需要3种引物PCR的方法扩增野生型（WT）和转基因序列，根据条带大小获得基因敲除的样本结果。虽然操作简单，但分析大量的凝胶电泳图是非常麻烦的。

Agilent ZAG DNA分析仪通过自动化平行毛细管电泳进行PCR扩增分析，简化了基因分型过程。仪器配有一个96毛细管阵列，单次分析96个样品，支持9块96孔板同时上样。提供4种ZAG dsDNA试剂盒，满足35bp至20Kbp的片段检测，是用于PCR扩增子和其他DNA片段检测的理想选择。较高的电泳电压可将样品分离时间缩短至20min以内，极大地提高检测通量。

为了验证高通量检测的结果，我们使用ZAG DNA分析仪和ZAG 110 dsDNA试剂盒进行了拟南芥LOH1 (At3g25540)敲除株(SALK_057546)的检测。这种高通量基因分型分析同样可以应用于其他植物和模型生物，如玉米、果蝇、老鼠和斑马鱼的基因易位。

方法

按照Edwards提取说明，取3~5mg 3周龄植物叶片在200ul缓冲液中研磨提取gDNA。取1ul DNA作为模板，加入3种引物进行PCR扩增。取2ul PCR产物加入22ul 1x TE buffer，使用ZAG DNA分析仪及ZAG 110 dsDNA kit（35~5000bp）上机检测。

结果

样品结果的查看？

96个样品的数字凝胶电泳图

A3、A4、A6样品的片段分析结果及对应的数字凝胶电泳图。其中A3为野生型（红色），A4为杂合子（蓝色），A6为纯合子（黑色）

如何快速的完成样品的分类标记？

根据野生型、杂合子、纯合子的片段大小，在ProSize软件内输入Flag Analysis条件参数，使用AND, OR, AND NOT, NOR确定不同类型样品的片段范围。

软件自动对全板样品进行标记，1为是，0为否。

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基因有限公司作为Agilent自动化电泳产品的全线代理商，为您提供基于预制胶、微流控芯片和毛细管三种不同电泳方式的全面、灵活的自动化电泳解决方案。