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粪便提取讲究多
常规样品的核酸提取已经不是困扰实验者们的痛疾，让实验者们烦恼的多是一些特殊样本的核酸提取工作，比如粪便。
文段结尾有惊喜 上图来自MNG 粪便样本是一类具有挑战性的样本 挑战1 不同来源的粪便组份差别较大，是否需要样本前期不同处理？ 水份含量不同的粪便样本，裂解液用量不当或者裂解过程中处理不当，都会造成裂解效率降低，得率较差。 挑战2 每份粪便样本中含有复杂的成份，如何有效的去除这些物质？ 粪便中包含食物残渣、脂类、多糖、蛋白、胆盐和PCR抑制因子等成份，处理不当会随着提取过程进入核酸，造成核酸的纯度非常差，影响到下游的应用。 粪便核酸提取过程中的注意事项 以提取粪便里面的DNA为例。 粪便样本DNA抽提流程基本包括如下的步骤： 注意事项也将从如下环节阐述。 样品准备 动物的粪便相比人的粪便，含水量较少，建议降低样本的上样量。 小鼠、兔子的粪便甚是干燥，容易吸收裂解液，导致离心后上清体积不足，所以建议上样量降低或者增加裂解液用量。 人粪便也受到饮食习惯、身体状态的影响而有很大不同。一些高糖高脂饮食习惯的人群，粪便样本中的脂类含量很高，这样的样本会影响提取时的裂解效率，建议减少起始原料。 此外如果人的粪便中含有未消化的食物，比如：粮食和水果外壳、未消化的种子等，请务必剔除出样本。 样本裂解 欲得到高产出并且无污染的DNA，样本裂解非常的重要。 含水量较低的粪便样本，除了上样量降低外，建议加入裂解液等比例的实验级水。裂解液加入后摇晃2-3s 充分混均，短时加热（比如70℃）可以让样本裂解和组份溶解的更充分。食草动物比如：兔子、羊，无需样本加热，直接进行后续的组织匀浆。 组织匀浆步骤离开不了物理破碎过程，比如机械碾磨珠。 化学裂解液加上碾磨珠机械破碎，宿主和细菌细胞全被破碎。即使是干燥的固体粪便比如小鼠粪便，经过10min vortex处理也会破碎的非常完美。当然，破碎的条件需要根据自己的样本情况来适当的微调。目前已发现，陶瓷珠结合 Bead Tube Holder 在Vortex-Genie® 匀浆效果较好。 裂解液澄清 离心是裂解液澄清最常用的也是最传统的做法。对于粪便样本来说，这样处理是不足以去掉粪便中复杂组份的。最好是在离心后的澄清裂解液中加入污染物沉降剂，然后在低温下比如2-8℃孵育一会，再次离心。 这样就足够了吗？以上做法只是沉降了蛋白、残渣等物质，样本中的抑制组份还是需要专门的抑制剂去除柱Inhibitor Removal Column。 洗涤 洗涤可以去除结合在柱膜上的多余的污染物。 一般进行四部洗涤，结合液洗涤、高盐洗涤（胍盐）、低盐洗涤两次。建议第三次洗涤时，vortex 一小会，以便洗掉管体管盖上的胍盐。胍盐230nm 有吸收峰，胍盐去除不当会影响A260/A230比值。 洗脱 洗脱时注意将洗脱液滴入柱膜的中心并且孵育1min,可以增加回收率。回溶洗脱液可以得到更高浓度的核酸。 MACHEREY-NAGEL(MNG)来自德国的核酸纯化品牌，提供专门针对粪便样本的核酸提取试剂盒。 01 NucleoSpin DNA Stool 单管，DNA提取 • 物理和化学裂解相结合的独特样品裂解技术，裂解更充分；试剂盒包含了碾磨珠。 • NucleoSpin® Inhibitor Removal Column，可以有效的去除粪便中的抑制剂组分。 • 针对不同来源的粪便有不同的优化方案。 02 NucleoSpin 96 DNA Stool 96孔板，DNA提取 • 物理和化学裂解相结合的独特样品裂解技术，裂解更充分，试剂盒包含了碾磨珠 • NucleoSpin® Stool Filter Plate可以有效的去除粪便中的抑制剂组分 • 适用于自动化仪器也可用于手动提取 03 NucleoSpin RNA Stool 单管，RNA提取 • 物理和化学裂解相结合的独特样品裂解技术，裂解更充分，试剂盒包含了碾磨珠 • 两种化学裂解试剂，重复裂解的过程中，更好的保护RNA完整性 • NucleoSpin® Inhibitor Removal Column可以有效的去除粪便中的抑制剂组分 • 18nt以上的RNA均可纯化出 • 可用于粪便样本RNA的提取，也可以用于水体中病毒核酸的纯化 惊喜 NucleoSpin DNA Stool试剂盒有试用装，预申请，请扫描下方二维码
