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DNA知道,eDNA呢?

版权所有,转载请联系基因市场部
2020-07-21

 eDNA(Environmental DNA)可以被描述为生物体释放到环境中的任何DNA。就水样而言,eDNA可来自上皮细胞、排泄物、腐烂的生物体或组织碎片、生殖细胞(如精子、卵、花粉)。随着分子生物学与高通量测序技术的发展,eDNA的应用领域也在不断的拓展,比如生态学、保护生态学、入侵生态学,以及生物多样性监测等方面。

       与传统的生态研究方法相比,以eDNA为研究对象对生态系统造成的损害要小很多且研究速度更快。然而仍存在许多问题。比如水样通常含有高浓度的污染物,可能会阻碍下游的分析;水样中提取的eDNA常常是片段化的,对净化提出了挑战;外源DNA的污染可能会引起分析结果的不准确性等。

       如何从水样中纯化出满足下游应用的质量好的核酸?


NucleoSpin®eDNA water



     MACHEREY-NAGEL 新推出的NucleoSpin® eDNA water试剂盒,快速纯化不同水样环境DNA (eDNA)。提取到的eDNA可适用于多种下游应用,比如metabarcoding、 barcoding 、qPCR 和 ddPCR。


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流程




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优势



1.    快速

     70min内可实现filters上面的eDNA纯化,避免了常规提取过程中的长时或过夜孵育过程。

2.    适用于各种来源的水

     流动水或静止水,淡水或咸水,清澈水或污染/浑浊水等均可适用。

3.    兼容多种过滤系统

      可与多种过滤器和过滤系统兼容(不包括在试剂盒中),如传统的瓶口圆形过滤器(如45 mm)和筒式过滤器(如Sterivex™)。

4.    兼容实验室设置

   如果实验室没有水过滤装置,该试剂盒还提供了一种直接水样沉淀eDNA方案,可有效快速分离游离DNA。

5.    降低外部DNA污染风险

     该产品是在高卫生标准的控制和监测条件下生产的,并且试剂盒的组份已用环氧乙烷处理,以尽可能降低任何来源的DNA污染风险。

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应用数据



优越的下游应用

       使用NucleoSpin®eDNA water试剂盒和两个其它品牌试剂盒,分别对来自creek和pond水样进行eDNA纯化,并通过qPCR分析metazoan DNA。对于两种类型的样品,NucleoSpin®eDNA水试剂盒的使用效果显著更好(Ct值更低)。


淡水池塘中欧洲蟾蜍的季节性追踪

       在德国,3月冬眠过后欧洲蟾蜍变得活跃起来,通常在四月开始产卵。对蟾蜍和/或卵和蝌蚪分离eDNA并进行后续PCR分析。在这里,使用了NucleoSpin®eDNA water试剂盒和NucleoSpin®过滤器Midi进行eDNA分离。PCR引物设计用于扩增特异性真核生物eDNA或一般真核生物eDNA。


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技术沟通



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