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新型ViewRNA原位杂交方法揭示病毒生命周期

版权所有,转载请联系基因市场部
2017-08-29

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      经典猪瘟(CSF) 是一种由经典猪瘟病毒(CSFV)引起的具有高度传染性和致命性的疾病。更好的认识CSFV的复制周期对研究CSF的发病机理很重要。然而, CSFV RNA在感染细胞中的动态分布还不得而知,或者说当前方法对研究CSFV RNA的动态分布不够理想。例如, 电子显微镜和IHC 只能检测到病毒颗粒且检测灵敏度较低;实时定量PCR只能检测总RNA并不适合单个感染细胞中RNA复制的动力学研究。随着新型RNA原位杂交方法的发展,在培养的细胞或组织切片中定量定位和可视化病毒RNA分子成为非常重要的解决这些关键致病问题的工具。


      在这项研究中,实验者建立了一种新型ViewRNA原位方法来揭示CSFV RNA在PK15细胞中的复制周期以及动态分布。为研究CSFV致病机制奠定一个重要理论基础。


        此研究结果证明,CSFV RNA进入PK15 细胞早于感染后0.5小时, 相对于细胞质隐蔽期(感染后6–9小时),CSFV RNA已经在细胞核中存在过了。这个实验很适合研究CSFV RNA在细胞核中的生命周期或是说ViewRNA 原位杂交方法似乎非常适用于检测早期病毒感染阶段CSFV RNA 的动态分布,故其有助于CSFV的复制研究和新疫苗的设计开发


      据知, 这是首次应用ViewRNA原位杂交方法揭示毒性CSFV RNA在感染的PK15细胞中的动态分布,同时展现出非常好的特点,比如高灵敏度和高特异性。ViewRNA原位杂交的灵敏度比荧光抗体试验 (FAT)和免疫组织化学 (IHC)方法高出3-4个数量级(见Fig.1)。特异性实验表明ViewRNA原位杂交高度特异性,CSFV和阴性对照以及其他猪传染性病毒没有交叉反应(见Fig.2)。

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       RNA 原位杂交除了是对传统蛋白水平上的IHC以及DNA 水平上的DNA FISH的补充外,又有其独特的优势,即mRNA、lncRNA、miRNA、cirRNA、HBVcccDNA、各种病毒、特殊物种、神经细胞等都能检测。不像病毒、特殊物种的IHC,要受抗体的限制,特别是病毒。因为病毒一般比较复杂,分为很多亚型,变异性强,往往一种新的病毒出现时,还没有对应的抗体研发出来。对于时下研究热门的lncRNA、miRNA、cirRNA,由于他们不表达蛋白,故RNA水平的检测无疑是绝佳的选择。


       传统的原位杂交技术局限于灵敏度、特异性不高。对于细胞中大部分RNA拷贝数很少,尤其一些癌症病人来源的组织穿刺样本,样本本身量就特别少,高灵敏度的原位杂交技术就显得尤其重要。So,基于b-DNA信号放大技术的单细胞单拷贝级别灵敏度的ViewRNA原位杂交技术无疑开启了细胞内定位RNA分子的新时代!其特异性的双Z探针设计避免了传统长链RNA探针的弊端,配以自身级联放大检测原理,可以高效敏感地检测到目标RNA


   除了上述这些优点,ViewRNA的多重靶标共定位、RNA与蛋白共定位是不是更酷更有吸引力!ViewRNA原位图必将助力发高分高质量文章!


该方法的具体优势列举如下:

1. 应用广泛:针对任意RNA靶标的简单杂交分析,无放射性,无需抗体;

2. 高特异性:基于的探针组设计和branched DNA (bDNA)信号放大技术;

3. 灵敏度:单细胞水平实现单拷贝级别灵敏度;

4. 兼容降解的RNA样本;

5. 无需RNase-free操作和环境要求,一天即可完成实验;

6. 多重靶标共标定位;

7. 实现RNA与蛋白共定位;

8. 检测结果稳定一致性,兼容高通量自动化平台。




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