HiFi测序精准解析了CYP2C19的两种部分缺失变异：CYP2C19*37（至少包含第1外显子的基因部分缺失，65名携带者）和新型 CYP2C19*42（第2-5外显子缺失，2名携带者，图1），并确认所有CYP2C19*37等位基因断裂点一致，为反复缺失事件，CYP2C19*42为特有基因内缺失（已提交药物基因变异联盟PharmVar审核）。体内表型分析显示：CYP2C19*37纯合子表现为明确的慢代谢（PM）表型，与无功能的 CYP2C19*2/*2 单倍型表型一致；CYP2C19*37/*42表现为中间代谢（IM）表型，首次在体内证实这两种缺失变异均为功能缺失型（图1），且在爱沙尼亚人群中富集（频率1.9%）。

图1. CYP2C19部分缺失变异的功能表征及其对奥美拉唑代谢的影响。CYP2C19*37：del_exon1-5，蓝色标示缺失；CYP2C19*42：del_exon2-5，粉色标示缺失。

HiFi测序精准鉴定CYP2D6基因94种变异（21种未收录于PharmVar），并完成CYP2D6/CYP2D7融合基因精准分型。

• 发现新型错义变异c.940C>A（2名参与者携带，图2），预测具致病性，但功能数据不足，其携带者代谢比值有升高趋势（未达统计学显著性）。

• 证实CYP2D6*124为功能降低型（图2），其与*41的复合杂合子表型向慢代谢偏移，但非完全无功能。

• 明确移码变异c.1450del仅存在于CYP2D6*68单倍型，不额外影响酶活性（图3）；证实CYP2D6*68及*68+*4单倍型无功能，且发现1名参与者携带3个*68拷贝。

• 验证CYP2D6*9、*41等位基因会降低酶活性，与既往研究一致。

图2. 携带CYP2D6新型变异个体的星等位基因基因型与代谢比值关联图。携带变异的个体以粉色圆点表示；未携带变异的个体以蓝色圆点表示。

图 3. CYP2C19（探针药物奥美拉唑）和CYP2D6（探针药物美托洛尔）星等位基因双倍型对应的代谢比值。功能正常的星等位基因被归为一组，记为NMa（包括CYP2C19*1 和38；CYP2D6*1、*2、33和35）。基因型按预测的代谢表型着色：深蓝色：慢代谢型；浅蓝色：中间代谢型；绿色：正常代谢型；橙色：快代谢型；红色：超快代谢型。携带未收录于PharmVar数据库的CYP2D6错义或无功能变异的个体以粉色圆点表示。这5种错义变异分别是：c.932C>T、c.911C>T、c.910T>C、c.901G>A、c.899C>G。

HiFi 测序实现了精准的星等位基因分型（图3），但研究发现部分个体代谢活性与基因型不符，为异常值；结合血浆药物检测和处方史证实，CYP2C19/CYP2D6抑制剂暴露是导致表型转换的关键原因（图 4），且抑制剂使用能独立升高代谢比值（CYP2C19 P=3.0×10⁻⁶，CYP2D6 P=0.02），提示药物基因组学研究中需同步考虑 DDI 的影响。

基于HiFi测序数据的GWAS分析证实，CYP2C19/CYP2D6 是奥美拉唑/美托洛尔代谢的唯一核心驱动基因，结构变异、稀有SNV和DDI是代谢表型变异性的主要原因，排除了其他基因组区域常见变异的干扰。

图4. 确认相互作用药物及其对CYP2C19和CYP2D6代谢的影响。(a) CYP2C19 探针药物奥美拉唑，(b) CYP2D6 探针药物美托洛尔。每个点代表一个个体的代谢比值，颜色表示与DDI相关的药物暴露情况：蓝色：无暴露；橙色：通过血浆药物检测确认的DDI；紫色：从处方数据推断的DDI；粉色：通过处方史和血浆检测双重确认的DDI。