MERFISH技术自美国两院院士庄小威2015年发明以来，其媲美单分子FISH的高灵敏度及原位单细胞超分辨率检测的技术先进性经过10余年用于基础科学研究的沉淀和严格的市场验证，目前已有300+文献发表，100篇+高IF科学文献；超过200个国际性知名研究所、高校使用，是空间转录组学研究发现的可靠平台。
继2025年数十篇各研究领域的SCN级高IF文献涌现后（见表一），在2026年刚过去的一个多月里，MERFISH技术又在植物学顶刊《The plant cell》揭示小麦花穗发育过程细胞层面梯度表达变化空间转录组学中取得重大突破！（Spatial transcriptomics reveals
expression gradients in developing wheat
inflorescences at cellular resolution)
小麦是全球重要的粮食作物，小麦花序（穗）的发育状况决定小麦粒的产量。然而，最早开始发育的基部初级小穗常发育延迟甚至停止发育无法产籽，研究小麦花序（穗）不同部位的发育机制对优化小麦品质提高产量至关重要。植物花序结构的多样性是由基因表达模式决定的，之前的研究尽管确定花序的中央和基部区域之间存在基因表达差异，但由于技术限制，沿花序（穗）顶端到基部轴的基因表达模式仍不清晰。作者研究团队采用优化的MERFISH空间转录组学技术将小麦花序组织中涵盖 4 个发育阶段的200个重要基因的转录空间定位到单细胞水平。通过对50000 个细胞进行细胞划分和聚类，识别出 18 个表达区域及其富集的基因，揭示了小穗和花发育的时空组织性，并表征了相关组织水平的基因标记。继而利用这些区域及单细胞精度的精细时空表达图谱对沿顶端到基部轴差异表达的基因表达模式进行了表征，发现在小穗形成之前，腋生分生组织及其下方叶脊在顶端到基部轴方向上具有明显差异的、空间协调的表达模式，这些模式有助于区分腋生分生组织及其下方的叶脊，并揭示了决定分生组织身份和转变的重要因素。所有研究成果的原始数据和处理后的数据均可通过一个交互式的网络图谱界面（www.wheat-spatial.com）进行访问。
除了植物学方面的前沿突破应用，新年伊始MERFISH技术在医学研究，如帕金森症，新生儿坏死性肠炎（NEC），心血管等领域也有新的文献报道，还有文献发表关于人类基底神经节的多模态单细胞表观基因组和三维基因组图谱，小鼠肠道区域及受微生物群影响下的分子、细胞和空间结构特征及高精度空转图谱......更多MERFISH前沿应用，可持续关注我们的报道，以及登录厂家官网分类检索（https://vizgen.com/resources/publications/）
表一：2025年发表的MERFISH技术代表性文献示例
（*截至2025年底MERFISH文献发表超过300篇）
