低温干式组织粉碎系统

      2019年10月，中国科学院上海药物研究所周虎课题组、复旦大学附属中山医院樊嘉课题组、中国科学院生物化学与细胞生物学研究所高大明课题组和至本医疗合作在Cell 发表“Integrated Proteogenomic Characterization of HBV-related Hepatocellular Carcinoma”的文章。

       使用Covaris CryoPREP™ CP02 将肿瘤组织、癌旁组织冷冻粉碎，粉碎后的样本分为三部分，分别用于全外显子测序（WES）、RNA-seq、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析。该研究通过检测和整合分析基因突变、拷贝数变异、基因表达谱、蛋白质组及磷酸化蛋白质组等多维度数据，完整地揭示了肝癌的分子特性，全面解析了肝癌的发生和发展机制，为肝癌的精准分型与个体化治疗、疗效监测和预后判断提供了新的思路和策略。

     2024年由中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所高大明研究团队、上海市肺科医院张鹏团队、中国科学院药物所周虎团队等研究团队合作，在CELL上发表了题为“Proteogenomic characterization of small cell lung cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies”的文章。文中使用Covaris CryoPrep™ CP02对98名男性以及14名女性的SCLC(小细胞肺癌) 肿瘤标本和 NAT(正常的癌旁组织)进行冷冻粉碎后分成三份，分别用于全外显子组测序、转录组测序、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析。在进行全外显子测序建库时，使用Covaris聚焦式超声系统进行基因组DNA片段化。

      本研究通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，揭示了小细胞肺癌的多种生物学特征和潜在治疗策略。发现并验证了HMGB3和CASP10作为推定的预后生物标志物。将 ZFHX3 突变与免疫热行为联系起来，并通过临床证明 ZFHX3 突变可能是接受免疫治疗的小细胞肺癌 (SCLC) 患者的潜在预测性生物标志物。这项研究扩展了基因组分析无法捕捉的SCLC癌症生物学理解，并生成了可能指导精准治疗的亚型。这些发现除了为基础和临床研究人员提供宝贵的资源外，还能促进更有效的SCLC临床治疗。

      2025年由中国科学院上海药物研究所周虎团队、复旦大学附属肿瘤医院虞先浚团队、北京大学肿瘤医院吴建民团队、中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所高大明团队等合作在Cancer Cell杂志上发表题为“Proteogenomic characterization of non-functional pancreatic neuroendocrine tumors unravels clinically relevant subgroups”的文章。该项研究对108例NF-PanNET 患者的肿瘤组织、正常癌旁组织使用Covaris CryoPrep™ CP02进行低温粉碎后分成三部分，分别用于全外显子测序、转录组测序、蛋白质组和磷酸化蛋白质组学研究。

      本研究通过整合全外显子组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析，构建了迄今为止最全面的NF-PanNET分子图谱。发现了CENPV 是 MEN1 突变的关键潜在介导因子；发现了新的GNAO1（高风险因素）、INA（高风险因素）和 VCAN（低风险因素）组成的预后标志物。首次定义了四个具有显著异质性的蛋白质组亚型，它们在分子特征和免疫微环境中存在显著差异，为开发治疗方案提供了线索。本研究开发的蛋白质组学预后特征在发现队列和验证队列中均被证明是疾病进展的独立因素，表明其在筛选高危患者进行定期监测和辅助治疗方面具有潜在用途。

       2024年由中国科学院上海药物研究所周虎团队、中国科学院上海营养与健康研究所邵振团队、中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院吴令英团队以及中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所高大明团队在Nature Communications杂志上发表了题为“A proteogenomic analysis of cervical cancer reveals therapeutic and biological insights”的文章。为减少肿瘤内异质性对多组学分析的影响，研究团队使用Covaris CryoPrep™ CP02对肿瘤组织和癌旁正常组织进行低温粉碎，随后将样品分为两部分：第一部分用于后续蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学和乙酰化蛋白质组学分析以及DNA提取；第二部分用于RNA测序。对139例中国宫颈癌患者的肿瘤样本进行的多组学分析揭示了HPV感染对多组学层面的影响，包括蛋白表达、磷酸化和乙酰化修饰。发现EP300乙酰转移酶通过乙酰化FOSL2蛋白的第222位赖氨酸（K222），增强其转录活性，促进宫颈癌细胞增殖和肿瘤生长。基于蛋白质组数据将患者分为三个亚型，具有不同的预后、免疫浸润特征和分子通路活性。亚型3具有最高的免疫浸润水平和最好的放疗反应。发现PRKCB高表达与更好的放疗反应和预后相关。该研究通过蛋白基因组学方法系统揭示了宫颈癌的分子特征，发现了新的致病机制、生物标志物和治疗靶点，对宫颈癌的个体化治疗和预后评估具有重要临床意义。Covaris CryoPrep™ CP02 在样本前处理中确保了多组学数据的高质量和一致性，是研究成功的关键技术支撑。