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面对多种提取方案,该如何为长读长测序“备料”?

「READING」
时值深秋,岁末在即,正是科研人沉淀数据、储备技术的关键阶段。无论是尘封万年的古骨、单细胞级别的珍稀样本,还是带壳昆虫、纤维粗粝的植物组织,它们的遗传密码都在等待一次“无断链”的完整释放。
长片段提取
为此,MN与NEB四大长片段DNA提取系统应需而来,以不同技术路径共同实现「长链无疆」的科研愿景:
NEB T3010 基因组试剂盒实现50 kbp级极速捕获;
MN 740160 阴离子交换柱与744160 高通量磁珠专注200 kbp高保真收获;
NEB T3050/T3060 超长片段套件更突破兆碱基(Mb)长度极限。
四维驱动,覆盖全场景
从二代、三代测序,到空间转录组、染色体构象研究
——匹配的提取工具,是成功的关键。
MN 系列:双平台满足不同需求
MN 740160
核心技术:阴离子交换柱 + CTAB-蛋白酶K温和裂解
优势:避免机械剪切,平均长度达 150 kbp,尤其适合古DNA、单细胞等珍贵样本
数据支持:Femto Pulse 系统检测显示主峰 >117 kb,最高可达 200 kbp

图1:通过机械裂解从某植物样本中纯化得到的 DNA 大片段后,在 Femto Pulse 系统
可检测到高达 200 kbp 的片段且主峰在117218 bp处
MN 744160
核心技术:CTAB/SDS 双相裂解 + 高盐PEG磁珠纯化
优势:60分钟完成96样本,输出 ≥50 kbp 高分子量DNA,支持自动化
验证平台:Agilent Fragment Analyzer 系统验证
图2:从心脏组织、植物叶片、血液、细胞、唾液、细菌和酵母等多种样本中提取基因组 DNA
所得 DNA 片段长度均大于 50 kb,并利用 Agilent Fragment Analyzer 5200 进行了片段长度分析验证
NEB 系列:从快速到超长,层层进阶
NEB T3010
核心技术:硅胶膜离心柱极速纯化
优势:可从多种样本类型(细胞、血液、组织、细菌、酵母、唾液、拭子等)中快速获取高质量gDNA(峰值片段大小通常 ≥ 50 kb),适合常规NGS建库与灵敏下游实验(如PCR、qPCR/RT-qPCR)
图 3:Monarch 基因组 DNA 提取试剂盒提取出的高质量基因组 DNA 适用于长片段 PCR 和 qPCR 等灵敏的下游实验
NEB T3050/T3060
核心技术:玻璃微珠-振荡裂解,通过转速梯度(500–2000 rpm)主动控制片段大小
优势:针对细胞/血液易裂解样本及昆虫、植物等难裂解样本有不同的应对策略,确保稳定产出 100 kbp–Mb 级 染色体DNA
应用场景:超大基因组组装、三代测序
图4:Monarch 组织高分子量 DNA 提取试剂盒从组织和细菌中提取高分子量基因组 DNA
岁末将至,策略先行
面对多样的样本和下游应用,如何为您的研究匹配最合适的提取工具?我们建议主要从以下角度进行选择:
若您追求“极速”与“通用”
面对常规样本(细胞、血液、组织),且下游为PCR、克隆等应用,NEB T3010 是您的不二之选。它以较快的实验流程,提供~50 kb的高质量DNA,是效率至上的标准方案。
若您追求“长片段”与“通用性”
当您的研究迈向长读长测序,需要150-200 kb的高保真DNA,且样本类型多样(从细菌、酵母到动植物组织),MN 740160 以其广泛的兼容性和温和的流程,确保数据的真实性。
若您追求“高通量”与“自动化”
当项目需要快速处理数十乃至上百个样本(如群体遗传学筛查),MN 744160 能在60分钟内完成96个样本的制备,稳定输出平均长度达150 kb的DNA,完美平衡了通量与质量。
若您追求“极限”长度
当您目标直指染色体级别的组装(需要Mb级DNA),样本为昆虫、植物、两栖动物等难裂解材料时,NEB T3060 的物理振荡裂解方案是您攻克壁垒的专属工具;样本为细胞或血液时,NEB T3050 则是您的不二选择。
从50 kb的精细操作,到200 kb的稳健基线,再到Mb级的宏大视野——长片段DNA的突破,正当时。
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