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做植物ChIP吗？Covaris AFA技术来帮您！
染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation，ChIP)是研究生理状态下DNA与蛋白质相互作用的常用实验技术，其原理是利用抗体选择性富集含有目标蛋白／蛋白修饰的染色质片段，从而确定目标蛋白在一个或多个基因位置上的丰度。利用抗原抗体反应的特异性，可以真实反映体内蛋白因子与基因组DNA结合的情况，确定DNA 上的蛋白结合位点，鉴定组蛋白修饰蛋白等。目前ChIP主要用于表观遗传学研究和转录因子调控机制研究等，比如可用于鉴定目的蛋白与已知靶序列间的相互作用，或与整个基因组的未知序列的相互作用；研究一个目的蛋白与DNA的相互作用，或两个蛋白与DNA共同结合的相互作用；以及启动子区域的组蛋白修饰，结合在DNA序列上的蛋白复合物研究等。 在ChIP实验中有三个关键步骤，一是固定交联，用于保持蛋白质和DNA 的相互作用状态；二是细胞裂解/组织匀浆，用于提核释放染色质；三是染色质片段化到所需大小范围。片段化的目的是确保高分子量染色质的蛋白质/DNA复合物是可溶的，能被ChIP抗体接近，为确保ChIP实验有良好精度，一般片段化到300-600bp范围均能获得较好的ChIP结果。染色质片段化的效果直接影响抗体的捕获效率，从而进一步影响整个实验的成败，因此，选择一款高性能的样本处理系统用于ChIP实验中的染色质片段化是非常重要的。 Covaris高性能组织样本处理系统基于其非接触式聚焦超声的技术原理，可以快速、稳定、高效地对样品进行预处理。其稳定的性能及恒定低温的处理方式，使得在ChIP染色质片段化中能够起到优异的打断效果。 应用实例 01 大豆种子大小调控机制研究 2024年8月，中国科学院遗传与发育生物学研究所种子创新重点实验室、海南三亚崖州湾国家实验室田志喜研究员在著名国际学术期刊《Nature Communications》上发表了题为“Natural variation in GmSW17 controls seed size in soybean”的研究文章。本研究通过全基因组关联分析（GWAS）在大豆中鉴定了GmSW17基因，该基因是拟南芥UBP22的同源物，属于泛素特异性蛋白酶（USPs/UBPs）家族，能够正向调节大豆种子的宽度和重量，为高产大豆品种的培育提供了新的遗传资源。其中，通过转录组和表观组学联合分析发现，GmSW17是通过改变GmDP-E2F-1位点的H2Bub水平来调控G1/S期转换，从而影响细胞增殖和细胞扩张，最终调控大豆种子发育。在该过程中，H2Bub与GmDP-E2F-1的相互作用通过ChIP实验鉴定，以始粒期（R5阶段）的大豆种子为实验材料，其染色质片段化过程基于Covaris M220超声30min以达到200-500bp的目标片段范围。 02 玉米自交衰退的表观遗传调控 机制研究 2021年8月，南京农业大学农学院研究团队及山东农科院玉米所研究团队在《Science Advances》上发表了题为“An epigenetic basis of inbreeding depression in maize”的研究论文。该研究通过多组学联合分析和分子生化实验揭示了DNA甲基化介导玉米自交衰退的分子机制，为自交衰退的表观遗传调控研究提供了新观点。其中，自交衰退过程中DNA甲基化升高的区域表现出染色质可及性的降低，以及两个抑制性组蛋白修饰H3K27me2和H3K27me3水平的增加，该过程通过ATAC-seq和 ChIP-seq实验进行鉴定，ChIP实验以2周龄玉米幼苗的第三片叶子为实验材料，其染色质片段化过程基于Covaris M220聚焦超声系统剪切成200-500bp的目标片段范围。 AFA 1、机械法剪切，无碱基偏好性，受影响因素少，重复性更好，更能保证剪切效果 2、超声功率无衰减，机器性能稳定，无需不断优化剪切条件 3、是更温和的超声处理方法，能更好地保护抗原表位完整性 4、提供优化好的通用Protocol，重复性更好，容易获得理想的剪切结果 5、非接触式超声，最大限度避免交叉污染 6、产品线丰富，通量灵活性更高 Covaris不同型号展示 Covaris聚焦式超声样本处理系统是在传统超声波处理基础上的技术革新，通过球面固态超声换能器将声波聚集到样本区域，对样本进行处理。聚焦声波能够以极低的能量输入获得良好的处理效果，避免传统超声能量过剩引起的样本处理过度及热损伤，为样本处理提供高效可控、重复性优良、温度恒定及无污染的处理环境。 基因有限公司作为Covaris公司在中国的合作伙伴和代理商，为您提供完整的DNA片段化、ChIP实验染色质片段化、质谱前处理、FFPE样本核酸提取等解决方案。基因有限公司的宗旨是“专才为专家服务”，有专业团队为各大科研机构提供安装培训，技术支持，应用培训与售后维护一条龙服务，赢得客户的一致好评与信任。想要了解更多，请关注我们的官方微信“基因快讯”或联系您身边的基因有限公司员工。 关于基因 基因有限公司成立于1992年，是一家提供生命科学科研仪器、试剂耗材和技术服务的综合服务商。基于“Gene Brightens Every Life • BioTech Connects the World”——“基因燃亮生命 • 生物技术连接世界”的愿景，专注于生命科学领域前沿技术的引进和推广，致力于推动该领域国内科研机构硬件水平及实验方案的革新与升级。同时，公司也一直致力于自主品牌的科研设备的研发与生产，拥有一系列通用性强、互补性高的自主品牌产品。 基因的服务网络遍及全国各地十多个大中城市，拥有包括仪器销售，试剂销售，市场与技术支持，维修，客服，物流等多个部门组成的完整服务体系。 我们希望通过不懈努力，为您的成功铺路搭桥，也为中国的生命科学事业赶超世界先进水平尽一己之力。欲了解更多信息，请访问www.genecompany.cn。
