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预染Marker条带异常续集:那些容易被忽视的隐藏雷区

版权所有,转载请联系基因市场部
2025-04-23

在上一篇文章中(点此此处跳转),我们分析了预染蛋白Marker实验中常见的条带弥散、条带缺失、小分子不显、转膜失败等五大问题,也给出了对应的解决方案。本次,我们将继续就上次遗留的几个问题进行分析和解答,让您从此告别“玄学”困惑,得出科学实验结果!


1

条带“变形记”——上下宽窄不一

现象:Marker条带像被“压缩”或“拉长”,垂直方向宽窄不均

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幕后黑手

  • 电泳“发烧”:电压过高(>150 V)导致凝胶局部过热,条带迁移速率异常(高温区扩散变宽,低温区压缩变窄);

  • 加样孔超载:上样量>10 μL时,蛋白质溢出孔外,迁移初期横向扩散,后期压缩形成“上宽下窄”。

急救指南:

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  • 恒压电泳(100-120 V)+ 冰浴降温;

  • 控制上样量(5-8 μL),选用平整制胶梳子。


2

标签蛋白检测的“真假信号”

灵魂拷问:Marker会干扰我的目标蛋白检测吗?

事实真相

1、常规情况Marker与样品分属不同泳道时,几乎无干扰(抗体检测 vs 染料显色原理不同)

2、高危场景

  • 同泳道混合上样:Marker高浓度蛋白改变局部电场,导致目标条带迁移偏移;

  • Marker含同源标签:如His标签Marker遇His抗体,引发假阳性;

  • 转膜残留:预染染料转移到膜上,与荧光检测信号重叠。

避坑方案

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Marker和样品泳道分开,看清Marker是否含有同源标签,优化转膜条件,每次实验必做对照。


3

理论值VS实际值:谁在“偷改”分子量?

真相:预染Marker标注的是“表观分子量”,与理论值偏差±5%-10%是常态,这是由其染料修饰特性决定的,并非质量问题!
偏差来源

1、染料修饰共价结合的染料改变蛋白质电荷和构象(如35 kDa条带可能对应33 kDa蛋白);

不同分子量蛋白的偏移程度不同:

  • 小分子量蛋白(<30 kDa)因染料占比相对较高,偏移更明显;

  • 大分子量蛋白(>100 kDa)偏移相对较小。

2、电泳体系差异Tris-Glycine胶与Bis-Tris胶中同一蛋白迁移率不同。

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以基因自营蛋白Marker(货号:PM-S001)为例

破局之道

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  • 严格按说明书条件跑胶;

  • 用未预染Marker或已知蛋白校准;

  • 查UniProt数据库对比“表观分子量”。


4

非变性胶:“标尺”失效的魔幻世界

致命误区:把预染Marker直接用于Native PAGE
翻车现场

1、标注值全错:非变性胶中蛋白质迁移由电荷和形状决定,预染Marker的分子量标注(基于SDS线性化)完全失效;

  • 依赖SDS的线性化作用 预染Marker的蛋白质经过SDS和还原剂(如β-巯基乙醇)处理,变为线性结构并携带均匀的负电荷,其迁移速率在变性胶中仅由分子量决定;

  • 非变性胶中无SDS 蛋白质保持天然构象,迁移速率受分子量、电荷、形状及多聚体状态共同影响,预染Marker的分子量标注不再适用。

2、条带“集体摆烂”:染料干扰天然构象,导致迁移异常、拖尾严重。

预染Marker的染料共价偶联在蛋白质表面,可能改变蛋白质的天然电荷分布、破坏蛋白质的寡聚结构(如二聚体、四聚体)、导致迁移行为异常,无法反映真实分子量或生理状态。

救星方案

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  • Native PAGE使用非变性胶专用Marker;

  • 自制天然蛋白标准或选已知天然分子量和寡聚状态的蛋白质,单独跑胶并记录迁移位置,建立校准曲线。

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其他“隐匿神坑”

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终极避坑指南

对照三原则:Marker每次必跑,换批次必对比,异常必重复!

保存口诀:“分装、避光、勿反复冻融,离心、控量、低温存”

异常排查路线图
条带异常 → 查储存/批次 → 换新胶/缓冲液 → 调电泳参数 → 验证转膜条件 → 交叉对比抗体!

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预染蛋白Marker是实验的“沉默助手”,却也可能化身“隐形刺客”。唯有摸清它的脾性,规范每一个细节,才能让Western Blot不再上演“悬疑剧”!你在实验中还遇到过哪些Marker“神坑”?欢迎留言区吐槽!(小编将在下期持续为大家解惑)








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货号:PM-S001
优势:

条带锐利,分布均匀,分子量准确;

电泳/转膜均可获得清晰不弥散条带;

红绿蓝三色预染,标记位置符合常规使用习惯;

兼容SDS-PAGE和Bis-Tris (MOPS/MES)不同凝胶缓冲液体系!

欲了解更多产品详情,请扫码添加您的专属技术顾问,基因有限公司将以热忱与专业,为您提供最优质的服务!

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