使用毛细管电泳 (CE) 的Sanger测序是DNA测序的金标准，曾在人类基因组计划中发挥了关键推动作用，并且在现在仍被用来获得高度准确且可信赖的测序数据。Hitachi DS3000 Compact CE Sequencer（新一代毛细管电泳测序仪）体积小，操作简单，可提供高灵敏度和高速的测序及片段分析。

*GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit (Applied Biosystems™)是常用于DNA分析的试剂包之一，可通过单一/多重PCR扩增包括European Standard Set和CODIS (Combined DNA Index System) 推荐的基因座集的24个标记。

图1. DS3000检测的等位基因标准品的峰图

X轴和Y轴表示各个DNA的大小和信号强度。每个方框中上部的绿色条带，表示所有预期的等位基因都在各自的基因座已被正确地识别。

图2. 样品排列。A：等位基因标准品；A：PCR产物；白色圆圈：空管。

简而言之，为了检验不同条件下DS3000检测的重复性，将PCR产物与等位基因标准品同时注入(条件1*），同一天不同时间分别注入(条件2），间隔两天注入 (条件3），或同一天在不同仪器上注入(条件4)。在上述所有条件下，基因分型均取得了成功，表明了仪器的可靠性。PCR产物的检测峰图如图3所示。

*GlobalFiler™ Express的用户指南，要求与样品 (1）相同的条件下使用等位基因标准物。这只是对仪器性能的评估，请勿在实际操作中尝试。

图3. DS3000进行PCR产物检测的峰图。X轴和Y轴分别表示DNA的大小和信号强度。

将DNA的注入量从250 pg逐次减少到31.3 pg，每组都平行注入个PCR产物与等位基因标准品作为对比。表1所示，注入量为125 pg时与预期的基因型的一致率为100%，注入量为62.5 pg时的一致率为81%，并且注入量为31.3 pg时的一致率下降到44%。

表1. 低注入量DNA的基因分型

将PCR扩增子(6个重复)与等位基因标准物(26个重复)进行平行注入。检测率是指已被识别(观测到的)峰数与预期的总峰数的比。

表2. 低注入量DNA的检测率

各个方式的检测率用颜色区分。低于100%，表示理想的峰值消失，因而较难进行数据分析。此数值越低，分析越困难。

表3总结了等位基因标准品每个峰的预计大小的变化。观察到的精度与用户指南(1)中描述的精度相同。

表3. Sizing精度的最大值

利用四道毛细管，对于等位基因标准物在3台仪器上各进行8次电泳，反复进行了96次分析。

*1: Sizing精度由整个毛细管预计DNA片段大小的标准差(SD)来表示。SD由每个等位基因计算。仅显示各个峰的最大值。

DS3000具备精准基因分型的性能。即使注入量DNA减半(125pg)，也可以利用GlobalFiler™ Express获得的扩增子来实现精准的分析。然而，对于低注入量DNA (少于125 pg) 获得的分析结果，其精度下降，会加大分析难度，需要特别注意。

如表4、表5所示，用GlobalFiler™ Express试剂盒分析了DNA质控品007。为了测试灵敏度，使用改良后的TE缓冲液(10 mM Tris-Cl，pH 8.0及0.1 mM EDTA-2 Na) 逐次稀释了DNA质控品007。

  表4. PCR混合物

  表5.PCR条件

按照表6调制样品，并按照如表7所示的设置进行了电泳。

  表6. 混合物

  表7. 电泳条件

在GeneMapper ID-X v1.6（Applied BiosystemsTM）上分析获得的运行文件（.fsa文件）。信号强度的阈值设置为175 RFU。手动省略停顿和引物峰。