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【文末福利】胶 & PCR产物纯化如何不走弯路?建议收藏!
01 胶回收试剂盒和 PCR 产物回收试剂盒 必须是独立分开的吗?
目前有很多品牌的试剂盒都可以做到胶回收和PCR产物纯化共用一套试剂盒。比如来自德国MACHEREY-NAGEL 品牌的NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up 试剂盒。
胶和 PCR 产物纯化共用一个试剂盒,并不是把两个独立分开的试剂盒组份叠加到一个试剂盒中。这款试剂盒结合 buffer 即可处理凝胶,也可以用于 PCR 产物纯化。如图所示:
02 试剂盒可回收的核酸片段范围是固定的吗?
胶回收试剂盒里面有一种buffer,名为结合 buffer(Binding buffer)。可回收片段的大小可以通过结合 buffer 的比例来调节:需要回收的片段范围越小,结合 buffer 添加的比例就越大。
下图显示了不同结合 buffer 稀释比例的纯化结果: 纯的结合buffer(lane3)和50 %结合buffer(lane4)对 PCR 产物梯度 ladder 可100 %回收。如果增加结合 buffer 的稀释比例,则会出现片段筛选情况,短片段就会被筛选掉。
Lane 1: GeneRuler 100 bp DNA Ladder (MBI Fermentas) Lane 2: DNA ladder input (21 base primer, 50, 65, 79, 100, 164, 359, 645 and 982 bp fragment) amplified using Biotaq DNA Polymerase (Bioline) Lane 3: Purification with 100 % Buffer NTI Lane 4–12: Purification with Buffer NTI diluted with 1–9 volumes of water
03 试剂盒的回收效率是不变的吗?
目前较多的胶回收试剂盒用的是硅胶膜。随着 DNA 片段长度的增加,与二氧化硅的硅-羟基相互作用的强度也随之增加。因此与只有几百个碱基对的小 DNA 相比,有几千个碱基对的大 DNA 结合更强,更难洗脱,回收率也会较低。
此外,大于 20 kbp 的碎片可能还会因通过膜的快速离心而被机械损坏掉,建议使用氧化硅基质方式如:NucleoTrap® 或 NucleoTraPCR®。
NucleoSpin® Gel and PCR Clean‑up 试剂盒回收片段范围在 50 bp-20 kpb,回收结果如下:
04 PCR 产物&胶回收试剂盒,除了回收双链 DNA和琼脂糖胶外,还有其它用途吗?
一款好的核酸回收试剂盒,既能用于 dsDNA,也可以用于 ssDNA、RNA、富含SDS DNA(如ChIP 产物)等产物纯化;
同时,既可以用于普通琼脂糖凝胶回收,又可以用于丙烯酰胺胶回收。并且针对不同的应用领域有专门的 protocol:
05 除了离心机,还有别的装置或者设备 用于PCR产物&胶回收试剂盒吗?
如果您认为离心机的通量不够高,可以试试下方的真空抽滤装置,一次可以完成 24 个样本的液体过滤。
1. 一盒多用途; 2. 高效回收50 bp-20 kbp片段; 3. 回收效率高达95 %; 4. 洗脱体积低至15 μL。
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