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微量苯酚无处逃,NanoDrop省心妙!

版权所有,转载请联系基因市场部
2024-08-13

核酸|质控

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在这个后基因组时代,核酸的定量仍然是现代实验室使用的一项基本技术。大多数生物学研究都涉及核酸样本的实验技术和工作流程,例如PCR、qPCR、二代测序、克隆等实验技术要求研究人员在下游实验中使用核酸样品之前,必须确定样品纯度以及其他影响核酸样品的重要变量。

酚氯仿抽提法是经典的DNA提取方法,若操作不当会导致苯酚残留在DNA样品中,所以开展下游实验之前,确定核酸样品的浓度、纯度和质量是非常重要的。

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01

Acclaro智能样本检测技术

纯度一直是评估紫外吸收污染物存在的主要方法,通常研究人员会评估其比值是否在可接受的范围内(表1)。


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表1:TE缓冲液中纯核酸样品普遍接受的纯度范围。请注意,纯苯酚的纯度与纯核酸的纯度相差不大。


然而,仅依靠纯度并不能完全地评估核酸样品中潜在的污染物(例如苯酚),而NanoDrop One/OneC超微量分光光度计内置Acclaro智能样本检测技术,不仅可以鉴定污染物类型还可以提供扣污染之后的校正浓度。


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图2:Acclaro功能识别样品中可能存在的污染物。2A)测量屏幕:Acclaro污染物图标表示在dsDNA样本中检测到潜在污染物。2B)污染物分析屏幕:对比原始吸收光谱(DNA +苯酚,蓝色)、校正光谱(已扣除污染物,绿色)和污染物光谱(橙色)。此屏幕还包含原始和校正的DNA浓度结果。

02

DNA样品中的酚污染实验

制备双链DNA溶液(鲑鱼精子DNA,浓度225ng/ul),通过添加不同量的DNA和苯酚原液制备成9种混合物,如表2所示


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表2:dsDNA和苯酚原液混合得到上述样品。


使用TE做空白对照,每种混合物溶液在NanoDrop One上进行5次重复测量,每次上样1.5µL。dsDNA应用程序计算浓度(原始-未校正和校正)并提供污染物识别数据,如表3所示。


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表3:使用dsDNA应用测定种混合物的DNA浓度。混合物3至9的校正DNA浓度直接从Acclaro污染物分析屏幕上获得。Acclaro污染物图标表示混合物的酚污染水平触发Acclaro的检测结果


表3给出了从表2中描述的9种DNA/苯酚混合物中获得的Acclaro污染物数据,请注意,苯酚成分是以百万分之一(ppm)表示的。

当苯酚污染大于18.75 ppm时,即可触发Acclaro功能,灵敏度非常高。Acclaro智能样本检测技术可以识别苯酚污染、扣除污染并给出更准确的校正浓度。


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图3:绘制了每种dsDNA/苯酚混合物的平均纯度。其中红线为260/230,蓝线为260/280。


图3表明,苯酚污染的增加对A260/280和A260/230比值的影响都非常小。苯酚污染为600 ppm的DNA样本,其A260/280比值为1.71,A260/230比值为2.08;这些值在可接受的纯核酸样品的范围内。然而,在这种苯酚污染水平下,DNA浓度的结果通常相差两倍以上。

03

总结

传统上,研究人员依赖A260/280和A260/230比值作为核酸溶液中污染物存在的指示。虽然纯度可以指示某些污染物的存在,但不能鉴定污染物类型和浓度。

NanoDrop One/OneC超微量分光光度计内置的Acclaro智能样本检测技术可以分析样本中的污染物,通过校正给出真实的样本浓度,让样本检测真正的步入智能分析时代。

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基因与Thermo


基因有限公司自2004年成为Thermo Fisher公司在中国区的合作伙伴,至今有近20年的合作历史,负责NanoDrop全系列产品线的售前咨询、售后安装、应用培训和维修维护等服务。目前在中国有数万台装机,服务了几十万用户。



关于基因

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