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最长片段可达200 kbp!看ta如何2小时完成DNA抽提

版权所有,转载请联系基因市场部
2024-02-21

目前三代测序客户常用的核酸纯化方法有酚-氯仿提取法盐析法核分离-琼脂糖包埋法,以及通过使用硅胶膜试剂盒磁珠法来进行DNA提取,但以上这些方法都有比较明显的缺点。


1. 酚-氯仿提取法:萃取物含有有毒试剂,需要特殊的废物处理。


2. 盐析法:由于缺少柱膜纯化,提取的DNA往往有大量的污染物和抑制剂组份,盐析过程往往是冗长且耗时的。


3. 核分离-琼脂糖包埋法:对操作的要求比较高,对于一般的实验者来说很难实现的。并且过程繁琐,大约需要1-2天的时间来完成大片段的制备。


4. 硅胶膜试剂盒和磁珠法:最重要的问题是DNA的完整性。离心力(硅胶膜提取方法)和频繁的吸液与混合(磁珠法)会对DNA产生显著的剪切作用。因此,硅胶膜和磁珠法纯化得到的DNA很少超过30 kbp,并且含有单链缺口,降低了HMW应用。



还有一种基于阴离子交换色谱法

核酸纯化方法:


NucleoBond®  HMW DNA试剂盒


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片段长,最长可达200Kbp: 

裂解液重力过柱,无需离心,减少了离心力对核酸的破碎作用,尽量保证核酸原生态,最长片段可达200 kbp。

纯度高:

采用了阴离子交换色谱技术,对核酸下游应用有抑制作用的组分均被清除,核酸纯度较高。

样本类型广:

相比以往的核酸抽提产品,这款试剂盒可以覆盖大多数样本类型,并且允许更大的上样量,比如1.5 g植物组织、300 mg微生物样本(革兰氏阴性/阳性菌、酵母菌)、300 mg动物组织、2 ml血液/体液、107个细胞(酶裂解法)等。

速度快:

包括30 min的裂解时间在内,整个提取过程2 h。



NucleoBond® 重力流程序将剪切力降至最低,从而保持 DNA 的高度完整性。


此外,阴离子交换技术能够实现高纯度和抑制剂去除。这使得 NucleoBond® HMW DNA 试剂盒成为常用的long-read测序技术(如SMRT 和 Nanopore)以及long-range short-read测序方法(如 Next GEM(10× Genomics))的理想选择。


——   操作流程  ——



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对于较难提取的样本,这款试剂盒兼容NucleoSpin® Bead Tubes,可以使样本进行更充分匀浆,同时还兼容裂解前各种商业化酶。


如果对DNA 完整性要求较高,可以使用异丙醇沉淀DNA的方法提取,也可以使用NucleoSnap® Finishers 或 NucleoSpin® Finishers使DNA更快的脱盐和浓缩。




一起来看NucleoBond® HMW DNA 试剂盒

出色表现!


1

「  大片段DNA 」

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通过机械裂解从某植物样本中纯化得到的DNA大片段后,在Femto Pulse系统可检测到高达200 kbp 的片段,在117218 bp检测到主峰,证明了 NucleoBond® HMW DNA 试剂盒提取和纯化高分子量 DNA 的能力。



客户测试结果:

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 DNA来自植物样本黄褐棉,使用NucleoBond® HMW DNA 试剂盒进行核酸纯化。如图所示,在164251 bp检测到主峰,最长片段可达200 kbp。



2

「  更长的subread 」

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通过酶裂解的方式从HeLa细胞中纯化DNA,并在PacBio RS Ⅱ上进行SMRT测序分析,与Q品牌的两款常用产品 (试剂盒P 和试剂盒M)相比,可以看出NucleoBond® HMW DNA 试剂盒(MN)可以得到更高的subread平均长度,从而实现更好的测序结果。




3

「  适用不同的样本类型,

      且得率和纯度较高  」

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除了DNA的完整性,纯度和得率对于HMW DNA测序结果的影响也很重要。使用NucleoBond® HMW DNA 试剂盒提取不同的样本,得率可以满足后续测序试验,吸光度比值A260/A230 >2.00和A260/A280 >1.75,表明样本纯度很高。




客户测试结果:

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DNA来自植物样本黄褐棉,使用NucleoBond® HMW DNA 试剂盒进行核酸纯化。




——  产品信息  ——


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基因有限公司作为德国MN品牌全国一级代理,为您提供针对不同类型样本的核酸抽提解决方案。


如果您对这款产品感兴趣,

欢迎添加MN产品专员了解更多信息!


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