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     2023年5月发表在journal of proteome research上的文章"Discovery of Oogenesis Biomarkers from Mouse Oocytes Using aSingle-Cell Proteomics Approach"，使用了Covaris公司的M220进行蛋白质谱的样本制备。该文建立了高效且简化的单细胞蛋白质组学（ES−SCP）工作流程，以实现单卵母细胞水平的蛋白质组学分析。通过ES−SCP工作流程，研究人员构建了卵母细胞成熟过程中深度覆盖的蛋白质组文库，其中包含6000多种蛋白质，并从仅15个卵母细胞的生发囊泡（GV）、卵泡核破裂（GVBD）和卵子成熟的第二间期（MII）的混合池中鉴定和定量了4000多种蛋白质。从单个卵母细胞中可以鉴定出 1500多种蛋白质。研究发现，包括母源因子（maternal factors）和mRNA调节因子在内的标记蛋白，如ZAR1、TLE6和BTG4，在卵母细胞成熟过程中表现出显著的丰度变化，并且发现母源mRNA降解这一现象，在卵母细胞成熟过程中是必不可少的。单个卵母细胞的蛋白质组学分析表明，抗氧化因子、母源因子、mRNA稳定性和能量代谢的变化是卵巢衰老过程中影响卵母细胞质量的因素。该研究为辅助生殖的未来创新奠定了基础。

    在这篇文章中，由于样本量过少，给样本制备带去了很大的挑战：如何处理超微量的样本，如何在尽可能少的损耗下充分释放蛋白同时避免其降解？针对这一系列问题，该文的研究人员使用了Covaris M220进行细胞裂解。Covaris的非接触式聚焦超声，依靠其高频低能的特点，可以对样本进行较好的破碎。在充分释放生物大分子的同时，防止其降解。因此很适合用于微量样本的裂解破碎。

图1.高效和简化的单细胞蛋白质组学分析工作流程(ES−SCP)。(A)GV期、GVBD期和MII期小鼠卵母细胞活体采集图。(B)三个发育阶段小鼠卵母细胞的形态图像。(C)说明ES−超微结构的工作流程；小鼠卵母细胞在聚焦超声作用下裂解；提取的蛋白质用胰酶消化并用C18阶段末端脱盐(上图)；500个不同发育阶段的卵母细胞的多肽用高效液相色谱-反相色谱分离并以DDA模式分析以深入构建卵母细胞蛋白质组学文库(左图)；单个卵母细胞和15个卵母细胞采用DIA模式(右图)。

    2023年10月发表在Scientific Reports上的文章"Deep proteome coverage advances knowledge of Treponema pallidum protein expression profiles during infection"，使用Covaris的ME220进行蛋白质谱制样中的细胞裂解。该文对梅毒螺旋体进行了全面的蛋白质组分析。由于样品复杂性高、难以获得足够数量的细菌进行分析，以及梅毒螺旋体细胞膜固有的脆弱性，使得该研究在技术上具有挑战性，让稀有梅毒螺旋体外膜蛋白（OMP）的蛋白质组鉴定变得十分复杂。该文章的主要目的是深入地了解感染条件下梅毒螺旋体整体蛋白质组表达谱。这将证实和扩展其基因组注释，识别无法在基因组或转录组水平预测的蛋白质修饰，并提供梅毒螺旋体蛋白质表达库的基础知识。研究人员描述了梅毒螺旋体特异性样品制备工作流程和基于质谱的蛋白质组学pipeline的优化建议，该流程允许在感染条件下检测77%的梅毒螺旋体蛋白质库。与之前的研究相结合，梅毒螺旋体蛋白质组的总体覆盖率达到近90%。这些研究鉴定了27种已知/预测的OMP，包括潜在的候选疫苗，并首次检测到11种潜在的 OMP 在感染条件下的表达。优化的流程为研究感染期间梅毒螺旋体蛋白表达提供了强大且可重复的工作流程。重要的是，综合结果提供了迄今为止对梅毒螺旋体蛋白质组最深入的覆盖。

    针对该篇文章，可以看到研究人员也曾为了样本量少，以及梅毒螺旋体细胞膜脆弱性而苦恼。梅毒螺旋体外膜本身是异常脆弱易破损的，并且难以抵御一般的实验处理。因此该文的研究团队选择使用Covaris的非接触式聚焦超声对细胞进行裂解处理，在保护生物大分子样本的同时，充分释放蛋白信息。

图2.活体培养梅毒螺旋体的蛋白质组深覆盖工作流程的优化。示意图显示(A)从兔身上分离梅毒螺旋体，(B)包括梅毒螺旋体样品制备的主要步骤，以及(C)在质谱学样品制备、处理和数据采集中的主要优化步骤。