微卫星（microsatellite，MS）是指细胞基因组中以少数几个核苷酸（多为1~6个）为单位串联重复的DNA序列，又称段串联重复（STR），因其可以作为多种肿瘤的生物标记物而广为人知。微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）是由DNA错配修复功能出现异常时，微卫星出现的复制错误得不到纠正并不断累计，使得微卫星序列长度或碱基组成发生改变而导致的。由于MSI分析需要以单个碱基的分辨率检测并对比每一个信号，因此，对片段大小识别准确度与重现性的要求较高。
最经典的MSI检测方法是多重荧光PCR毛细管电泳法，是目前公认的MSI检测“金标准”。该方法通过比对正常细胞DNA和肿瘤细胞DNA各个微卫星位点的PCR长度，来确定位点是否稳定。通常检测至少5个以上的位点，1个位点不稳定称为低度微卫星不稳定（MSI-L），2个及2个以上位点不稳定称为MSI-H，5个位点均稳定即微卫星稳定（MSS）。
此处以MSI分析举例，使用商品化的的石蜡包埋切片介绍从DNA提取到数据分析的一系列流程。
石蜡包埋切片经过解交联，基因组提取后，用MSI analysis system ver.1.2（Promega 公司），同时对2 ng基因组DNA中的5个MSI标记物（单核苷酸重复）和2个质控标记物（五核苷酸重复）进行荧光标记和扩增。扩增后，以Internal Lane Standard 600（Promega 公司）作为分子量内标，利用聚合物聚合物7在DS3000上进行电泳。
运行结果使用GeneMarker® v3.0.1进行数据分析，MSI特异性峰在五个位点中均被检测出，无一遗漏。而且，MSI与MSS共有的信号峰型基本重合，差异在0.1 bp以内。以下实验结果显示DS3000具有可靠的表现。
图2. MSI样品的分析结果。上图表示MSS（桃红色线）与MSI（蓝色、绿色、黑色线）的重叠峰图。红色竖道表示两个样品间存在超过阈值差异的区域。标记‘C’的位置表示预设会出现MSS峰型的参照位点。基于每一个信号峰处MSS和MSI的对比，MSI在所有五个位点中均检测到了MSI特异性峰。且MSI与MSS共有的信号峰型基本重合，差异在+/- 0.1 bp范围内。
注：仅限科研使用，不可用于医疗诊断及其相关用途。本资料中刊登的数据仅为测试示例，不确保数据的准确性。
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