该文使用了MMI激光显微切割技术，从H＆E染色的人肺FFPE样本中切割出低至0.0125mm³的肺血管和邻近的肺泡（如图1.a），后加入100μl 50nM TEAB、5% SDS、7.5 M 尿素，以及10 mT DTT (pH 7.5)，转移至Covaris mircotube中，使用Covaris LE220-Plus聚焦式超声系统进行匀浆，整个匀浆过程持续10min，温度始终维持低温6°。匀浆过程可导致大块组织破碎，仅留下细小的物质悬浮液，可让蛋白质充分释放，便于后续的蛋白质提取。Covaris LE220-Plus可一次性处理96个样品。还原/烷基化后的样品上清加入到micro S-Trap柱(ProtiFi)离心直至所有样本过柱。经过9次90%甲醇洗涤后，向柱子上加入胰酶溶液进行消化，洗脱后的120μl样本进行冻干，脱盐后再次冻干以备质谱分析，如图1.b实验流程所示。该文章对比了Covaris处理与否对样本得率的影响。经Covaris LE220-Plus处理+热处理+5%SDS处理的样本蛋白提取得率比热处理+5%SDS处理以及单独5%SDS处理的样本均要高。该优化方案提高了蛋白得率，同时为基于激光显微切割技术的空间蛋白组学研究提供必要的方法学指导。

图1.a人肺血管及临近的肺泡细胞。左图为切割前，右图切割后的组织图。b.实验流程示意图

     该文利用MMI激光显微切割系统从人类胶质母细胞瘤的数张FFPE样本上切割了等体积(0.05mm³)的肿瘤核心区域和浸润边缘区域。然后使用Covaris LE220-Plus非接触聚焦超声仪辅助胶质母细胞瘤的细胞外基质（ECM）蛋白提取(“为了促进ECM蛋白溶解，将尿素和DTT分别添加到样品中，最终浓度分别为8M和5mM。然后将样品在Covaris LE220-Plus非接触聚焦超声仪上超声10分钟”）。通过质谱分析，确定不同区域ECM中蛋白表达差异。研究发现，胶质母细胞瘤的ECM蛋白表达在肿瘤核心区域和浸润边缘区域存在明显差异，核心区域富含胶原蛋白和与正常脑组织相关的ECM成分，如胶原IV、层粘连蛋白和基底膜蛋白多糖。而浸润边缘区域则富含其他ECM相关蛋白，如腱糖蛋白-C和多功能蛋白聚糖。这些差异可能与胶质母细胞瘤的浸润和复发有关，如图2所示。同时，LCM-蛋白质组学分析技术通过免疫组化验证，从而进一步证实分析结果的准确性和可靠性。通过该技术，可以准确、并在具有空间分辨的基础上分析FFPE组织样本中的ECM蛋白组成。该研究为胶质母细胞瘤的ECM研究提供了新的方法。

      在该篇文章中，研究人员借助Covaris促进蛋白的溶解，Covaris的声波在样品中产生微小气泡，然后气泡破裂并释放能量。同时，Covaris搭载的AFA技术通过球面固态超声换能器将声波聚焦到样本区域，能够以极低的能量输入获得良好的处理效果，避免传统超声能量过剩可能引起的样本处理过度及热损伤。而避免蛋白的热损伤对于蛋白质谱非常重要，直接决定了数据质量。因此，Covaris可以称得上生物大分子友好型超声仪！

图2.肿瘤组织的核心和浸润边缘切片的定量比较揭示了其特有的蛋白质组成。(A)浸润性边缘和肿瘤核心组织样本的分析，激光显微切割后，用质谱仪进行蛋白质组学分析。在核心和边缘显著丰富的蛋白质分别以橙色和蓝色显示，发现有79种差异蛋白。(B)差异蛋白丰度数据集的通路分析。(C)Venn图显示在肿瘤核心和浸润性边缘切片中用两个或两个以上独特的多肽鉴定的基质蛋白。(D)在核心和边缘中确定的蛋白质丰度倍数变化。富含在核心/边缘的蛋白质分别以橙色或蓝色显示。(E)按类别分析核心和边缘矩阵蛋白质。与核心相比，边缘的结构基质成分(如胶原蛋白)水平较低。