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单细胞原位空间转录组研究：谁家还没个预制panel！
单细胞原位空间转录组研究
谁家还没个预制panel！
MERFISH(multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization)技术于2015年诞生于美国华人科学家庄小威院士实验室，至今有超过8年的时间，被哈佛大学、艾伦研究所、耶鲁大学、Broad研究所等广大科学家用于小鼠全脑细胞分型与细胞通讯研究、肿瘤微环境解析、用药后response的作用机制等的研究。美国Vizgen公司于2021年将该项技术商品化，开发出自动化的MERSCOPE™平台，使得全球科学家可以在自动化平台上以更加标准化的流程得到高重复性的MERFISH数据用于单细胞原位空间基因组学研究。基因有限公司2022年将MERSCOPE™平台引荐到国内，提供仪器的售前推广、售后安装及培训；基因集团下属上海贝晶生物技术有限公司经Vizgen公司授权成为国内提供“sample in, data out”一站式MERFISH技术服务。
MERSCOPE™平台率先商品化的是个性化定制的gene panel，支持三种规格：最多500个基因、最多300个基因以及最多140个基因。为了缩短gene panel的定制周期，让用户可以更快的启动MERFISH实验，Vizgen在今年3月底隆重发布了两种预制的基因panel，预制人肿瘤通路基因panel以及预制小鼠神经细胞类型基因panel。
一、预制基因panel的优势
· 科学稳健的gene list： 基于同行发表的高影响力文献和高度引用的数据库精挑细选
·缩短MERFISH实验周期：无需客户自己花大量时间筛选基因，预制panel货期更短
· 价格更加优惠：预制基因panel做同样样本数量，价格比定制化基因panel更便宜
· 有大小包装：用户可根据实际样本数量选择使用，避免不必要的浪费
二、MERSCOPE™肿瘤通路Panel
· 500个基因，针对癌症的经典信号通路
· 兼容8种组织：乳腺癌, 肺癌, 肝癌, 前列腺癌, 结肠癌, 黑色素瘤, 卵巢癌, 脑癌
· 兼容多种制备方式样本：新鲜冰冻, 固定冰冻, FFPE样品, 细胞
· 探索肿瘤生物学以及肿瘤细胞与基质细胞以及与免疫细胞的相互作用
· 大小包装: 12次FF/FF实验或6次FFPE实验(大)；4次FF/FF实验或2次FFPE实验(小)
两次MERFISH结果相关系数0.99
与bulk seq结果相关系数0.77
同一组织不同技术重复以及不同制备方式之间相关性好
预制肿瘤通路panel基因list
三、 MERSCOPE™神经细胞类型Panel
· 500个基因，针对小鼠脑主要的细胞类型marker基因
· 兼容多种样本制备方式：新鲜冰冻, 固定冰冻, 细胞
· 鉴定和聚类细胞、确定神经元亚型，探索细胞功能
· 大小包装: 12次FF/FF 实验(大)；4次FF/FF 实验(小)
技术重复之间以及与bulk seq之间结果一致性高
预制神经细胞类型panel基因list
基因有限公司是Vizgen厂家MERSCOPE平台在中国的代理商，负责该系统的售前技术咨询、售后安装培训、应用支持等工作。同时基因集团下属子公司上海贝晶生物技术有限公司也经Vizgen厂家授权在国内开展MERFISH实验服务，老师们如果感兴趣的话随时与我们联系。
