上一篇向大家介绍了小身材，大作为！DS3000助力HID检测（点击查看），相信大家对日立DS3000一代测序仪有所了解。既然是“大作为”，那么DS3000还在哪些领域有出色表现呢？
没错！就是细胞系鉴定（Cell Line Authentication: CLA）。
基于基因组中STR长度多态性的检测不仅适用于大家熟知的DNA ID/HID，同样还有CLA。那么细胞系鉴定对大家而言有什么意义呢？
很多生物医药的研究都基于培养的细胞来进行，这些细胞来自其它研究人员的赠与或细胞库。据不完全估计，10%左右的实验室中使用的细胞已经发生了交叉污染。这将会极大的威胁着基于这些细胞的研究发现的正确性和药物研发的准确性。因此定期实施CLA对于医药研究的客观性非常重要。
其次，很多细胞库需要对提交来的细胞系进行鉴定，并对细胞系之间的交叉污染进行监测，以保证细胞库的正常运行。
很多杂志也要求若研究者使用细胞系数据发表文章，则需提供细胞系的STR图谱数据。例如Nature官网明确指出细胞系相关文章的研究者需要提供细胞系来源及STR图谱数据的信息。
1）发表文章或申请课题经费前;
2）一个涉及到细胞试验项目开始/结束时;
3）新得到的细胞或实验室培养5代以上的细胞;
4）准备冻存保种或已冻存多年的细胞;
5）细胞系表现不稳定或结果与预期差别较大。
在CLA中，首先用GenePrint®10 (Promega)扩增细胞株2800M的STR，通过DS3000测序仪进行电泳分析。然后通过将测得的等位基因与在生物资源库中登记的各细胞系的等位基因（以下称参考等位基因）进行比对来鉴定细胞系。
如图2所示，用GeneMarker HID对细胞株2800M扩增后的测序结果进行分析，再与参考基因组进行比对。发现DS3000测得的2800M细胞株的多个STR均与参考基因组100%一致，表明此次鉴定的细胞株无疑是2800M。
图2. DS3000检测的细胞株2800M的电泳结果以及基因分型解析结果。
注：仅限科研使用，不可用于医疗诊断及其相关用途。本资料中刊登的数据仅为测试示例，不确保数据的准确性。
为验证DS3000检测细胞系样品污染的能力，将MCF7基因组DNA以各种比率(MCF7的比率：0、1、2、3、4、5、10、30、100％)混入Jurkat基因组中，扩增样品的STR区域后使用DS3000进行STR检测。
经分析，可以确认出Jurkat在D13S317基因座上有固有等位基因8与12。当混合了MCF7时，D13S317基因座上额外检测到了等位基因11，且随着MCF7的混入的量增多，荧光强度也增大（图3）。
图3. Jurkat与MCF7的混合DNA的波形数据示例。表示MCF7固有的等位基因（D13S317: 11）在不同样品中的信号强度的变化。
进一步分析DS3000检测污染的灵敏度，发现当混合了3%的MCF7时，Jurkat固有的等位基因与参考等位基因的一致率小于80%（>80%即为同一类细胞）（图4）。由此可知，当某一细胞株中混合了3%的其他细胞时，可以用DS3000很好地检查出污染情况。
图4. 表示Jurkat与MCF7的混合DNA样品中的Jurkat等位基因与参考等位基因的一致率（>80%即为同一类细胞）。
注：仅限科研使用，不可用于医疗诊断及其相关用途。本资料中刊登的数据仅为测试示例，不确保数据的准确性。
DS3000秉承HITACHI多年来研究开发的毛细管技术与激光辐射技术，可以胜任DNA ID/HID、CLA检测。还有更多关于遗传变异、微生物鉴定、病原体分型等食药、疾控的领域的应用实例分析且看下回分解。
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