MERFISH超分辨率空间转录组服务——FFPE样本方案现已推出！

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MERFISH超分辨率空间转录组服务——FFPE样本方案现已推出！

2023-03-16

前言

MERFISH(Multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization) 多重荧光原位杂交技术由华人科学家美国工程院院士庄小威(哈佛大学)发明，通过使用组合标记、顺序成像和抗错误条形码来实现高度多重的RNA定位和定量检测，可对1cm²的组织进行超分辨成像，分辨率≤100纳米。实现真正意义上的原位单细胞空间基因组分析，让基因的表达和定位可视化。

FFPE（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded），是一种保存和制备活检标本的方法，可以保护组织中的蛋白质和结构，长期保存，不受温度和时间的影响。但通常FFPE样本RNA 转录本通常会发生交联, 降解以及片段化，限制了探针结合，影响检测。

现基因集团上海贝晶生物技术有限公司已推出MERFISH空间转录组服务FFPE样本方案，可以突破过去从FFPE样本组织中获取空间基因表达信息的障碍，检测长期保存的珍贵样本的空间基因表达信息，能更好的利用现有的临床样本库资源进行回溯性研究。

MERFISH FFPE方案服务流程

高质量的数据

FFPE样本空间转录组高质量数据

FFPE和新鲜冰冻样本中细胞类型注释和细胞空间分布

组织类型兼容性广

在多种FFPE样本中具有高灵敏度和特异性

在多种组织类型中，MERFISH表达谱结果与bulk RNAseq结果高度一致。

新的细胞分割算法

FFPE样品改进的细胞分割算法，可在致密组织中更准确的捕获细胞边界，完全整合进MERSCOPE用户界面。多种细胞分割算法可选：Cellpose 和 Watershed。

基于CellPose 细胞分割算法能在致密组织人FFPE肝脏组织中准确鉴定细胞类型 (A-B)，基于细胞分割绘制细胞类型的UMAP图以及细胞在组织上的空间分布e (C-F)。

可兼容蛋白染色

MERSCOPE FFPE Workflow兼容蛋白染色，最多可检测6种蛋白。

人结肠癌FFPE样本中同时检测347个基因和6种蛋白。

FFPE官方数据集

Vizgen官网已发布8种人FFPE肿瘤组织MERFISH开放数据集，包括结肠癌，肝癌，黑色素瘤，卵巢癌，前列腺癌，肺癌，乳腺癌，子宫癌。可通过网址https://info.vizgen.com/ffpe-showcase下载查看。

人类肿瘤预制Panel即将推出，敬请期待！

联系我们

基因集团基因有限公司为美国Vizgen公司MERSCOPE™多重FISH超分辨率成像分析系统中国总代理。

基因集团上海贝晶生物技术有限公司全国首家推出MERSCOPE™ MERFISH空间基因组学技术服务。

如果您感兴趣，可以直接联系您身边的基因人。