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自动化高通量SSR分析,无需荧光引物

版权所有,转载请联系基因市场部
2023-03-13

SSR


简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)又称作微卫星序列(microsatellite, MS),是一类由1-6个核苷酸为基本单位多次重复而形成的DNA片段。SSR数量丰富、多态性高、均匀覆盖整个基因组、呈共显性遗传且检测简单,因此被作为第二代分子标记广泛应用于遗传图谱构建、目标基因定位、遗传多样性研究、分子辅助育种、种质资源鉴定等领域。

传统进行SSR检测流程一般为PCR后手工制胶、跑胶、染色、人工分析,其步骤繁琐且需要耗费大量的人力和时间。

基于毛细管电泳和荧光标记技术的DNA测序仪可以实现自动化SSR检测,但需要用荧光标记的引物进行PCR扩增,检测成本较高。


ZAG DNA分析仪


Agilent ZAG DNA分析仪是一款基于96道平行毛细管的自动化电泳系统,可全自动完成灌胶、上样、跑胶和批量结果分析。不仅可以解放人力和时间,且无需特殊的荧光引物,大大降低检测成本。


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1

高通量

ZAG DNA分析仪采用96道平行毛细管,一次同时运行96个样品。具有9个放96孔样品板的位置,可在无人值守的情况下连续运行9块96孔板即864个样品。

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2

快速

20min即可完成96个样品的电泳分离(ZAG-135 dsDNA kit),24 小时内可处理 48块96 孔板即4608个样品。

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分辨率高达3bp

可轻松实现仅3 bp差异的DNA片段(300bp以内)的分离和分子量测定。

4

适应于高盐PCR产物分析

ZAG DNA分析仪可直接分析PCR扩增产物,无需经过额外的纯化处理。

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多样化的结果

ZAG DNA分析仪的结果包括数字化胶图、电泳谱图及可自定义分析的数据表,结果可导出CSV及PDF格式。

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批量数据处理

ZAG DNA分析仪采用ProSize分析软件,其批量处理模式可比较同一次运行或多次运行中的片段的分子量大小、峰高和分离谱图等,可同时处理超过100个样品板。通过逻辑运算AND、OR、AND NOT、NOR等自定义分析Flag,软件可自动输出逻辑运算结果,从而实现批量分型分析。

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注:0=false,1=true

SSR应用实例展示

Anju Biswasa等发表在Scientia Horticulturae上的题为“Characterization of strawberry (Fragaria spp.) accessions by genotyping with SSR markers and phenotyping by leaf antioxidant and trichome analysis”的文章中利用 35 个 SSR 标记对 33 个草莓品种进行基因分型,以观察所研究品种之间的遗传多样性或相关性。其中SSR分析采用了Agilent片段分析仪及PRO Size™2.0软件。

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33 种草莓,FAC-016 引物(35种引物的一种)的SSR扩增结果。Lower Marker为35bp, upper Marker为500bp。


Agilent ZAG DNA分析仪为您提供自动化、高通量、快速、高分辨率及低成本的SSR分析。


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基因有限公司作为Agilent的合作伙伴,为您提供完整的SSR分析解决方案。欲了解详情,请扫描左侧二维码,将有技术人员一对一为你答疑解惑~


往期链接:自动化、高灵敏度的CRISPR基因编辑质控方案

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