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PacBio每周文献导览（2023-02）
啮齿类疟疾寄生虫约利疟原虫17XNL的长读长基因组组装和基因模型注释
Doi: https://doi.org/10.1101/2023.01.06.523040
疟疾每年导致2亿多例感染和60多万人死亡，大多数病例归因于人类传染性疟原虫物种恶性疟原虫。许多啮齿动物传染性疟原虫物种，如Plasmodium berghei，Plasmodium chabaudi和Plasmodium yoelii，已被用作遗传上可处理的模式物种，可以加快对这种病原体的研究。 本文比较了HiFi与ONT / Illumina。HiFi在每个类别中都胜出（特别注意关于错误组装的第二部分：ONT 是 34（16Mb！），HiFi则没有，是0）。
结论：“我们已经为Yoeili 17XNL菌株采用了更高质量的基于PacBio的基因组组装，用于我们的其余分析并提供给了 Community”。
鳞翅目害虫基因组测序和组装的长读长方法比较 Doi: https://doi.org/10.3390/ijms24010649
鳞翅目多为害虫，每年造成严重的经济损失。高质量的基因组测序和组装揭示了害虫发生的遗传基础，为害虫防治措施提供了指导。长读长测序技术和组装算法的进步提高了及时产生高质量基因组的能力。鳞翅目包括多种具有高度遗传多样性和杂合性的昆虫。因此，迫切需要选择合适的测序和组装策略来获得高质量的基因组信息。
本文比较了HiFi，CLR和ONT。结论：“HiFi装配显示出最佳的装配质量，最低的重叠群数量，以及最高的连续性，准确性和完整性，而无需依赖其他脚手架。它还需要最少的时间和计算机内存，可以被认为是最佳的测序方法”
酶的组合组装和设计 Doi: https://doi.org/10.3390/ijms24010649
结构多样化的酶的设计受到精确折叠所必需的长程相互作用的限制。研究人员引入了一种原子和机器学习策略，用于酶的组合组装和设计（CADENZ），以设计相互结合的片段，以产生具有稳定催化星座的多样化，低能量结构。研究人员将CADENZ应用于内氧聚糖酶，并使用基于活性的蛋白质分析来回收数千种结构多样化的酶。功能设计表现出高活性位点的预组织以及活性位点外更稳定和紧凑的堆积。将这些课程应用到 CADENZ 中，命中率提高了 10 倍，回收酶超过 10,000 种。原则上，这种设计-测试-学习循环可以应用于任何模块化蛋白质家族，从而产生巨大的多样性和蛋白质设计原理的一般经验。 PacBio测序由于其高准确率和长读长的特性，被用于对选择后的复杂文库进行测序。
其它文献 - 人类医学 肌萎缩侧索硬化症测序技术研究进展 Doi: https://doi.org/10.1186/s13024-022-00593-1 毛发肌炎全长转录组作为参考资源及听觉和免疫相关基因的挖掘 doi: https://doi.org/10.3390/ijms24010062
其它文献 - 动植物 GALA：具有长读长的从头染色体逐条组装的计算框架 doi: https://doi.org/10.1038/s41467-022-35670-y 使用PacBio和Hi-C技术对泷河豚进行染色体水平单倍型解析基因组组装 doi: https://doi.org/10.1038/s41597-023-01937-2 鰤鱼两栖鱼的染色体尺度基因组组装为海葵的黑色素色素沉着提供了见解 doi: https://doi.org/10.1093/g3journal/jkad002 动物线粒体基因组的单分子测序揭示了叶绿体样结构和重复介导的重组 doi: https://doi.org/10.1093/molbev/msad007 开普克里夫蜥蜴（Hemicordylus capensis）的染色体水平基因组组装 doi: https://doi.org/10.1093/gbe/evad001 椭圆灰霉菌感染的东方百合杂交“索邦”发病机制相关蛋白的全长转录组表征和功能分析 doi: https://doi.org/10.3390/ijms24010425
其它文献 - 微生物 石榴细菌枯萎病病原体柑橘黄单胞菌PV. punicae 119 的长读长基因组序列数据 doi: https://doi.org/10.1016/j.dib.2022.108849 纵向、多平台宏基因组学产生高质量的基因组目录，并指导奶酪群落的体外模型 doi: https://doi.org/10.1128/msystems.00701-22 比较基因组学分析为从中国白酒中分离出的新型菌株戊型乳杆菌LTJ12的高乙醇耐受性提供了新的见解 doi: https://doi.org/10.3390/foods12010035
PacBio 产品仅供研究使用。不用于临床诊断。 基因有限公司作为PacBio公司中国区代理商，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。
