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PacBio每周文献导览（2022-48）
使用 CRISPRi 从复杂克隆文库中高通量检索目标序列
Doi: https://doi.org/10.1038/s41587-022-01531-8
在大型克隆文库中捕获宏基因组 DNA 提供了研究微生物多样性的机会，而这些微生物多样性是使用依赖于培养的方法无法获得的。在这项研究中，研究人员利用核酸酶缺陷型 Cas9 建立了一个 CRISPR 反选择中断回路 (CCIC)，可用于从复杂文库中检索目标克隆。PacBio HiFi测序用于表征 10,000 个克隆宏基因组文库。通过HiFi 测序可以 1）识别所需目标（此处为12种不同的生物合成基因簇）以及 2）允许设计随后为它们选择的 gRNA。
结论：
这种新方法 “为快速、可扩展且具有成本效益的目标序列索引和检索打开了大门……我们很高兴看到将简并 Cas 靶向条形码整合到遗传回路中的一般概念如何扩展到合成生物学的其它未来领域。”
转座因子介导的重排在人类基因组中普遍存在
Doi: https://doi.org/10.1038/s41467-022-34810-8
转座因子 (TE) 占人类基因组的一半以上，但由 TE 介导的 SV 尚不清楚。这里确定了近 500 个这样的事件，其中一些非常复杂，发生在三个人身上。事件“富含基因位点，可以产生潜在的重要风险等位基因，例如 TRIM65 中的缺失，TRIM65 是一种已知的癌症生物标志物和治疗靶标”。
结论：
“这些发现扩展了我们对这类重要 SV 及其形成机制的理解，并将它们确立为人类多样性的重要驱动力”。使用了 Illumina 和 PacBio CLR测序，但 “基本事实” 是由PacBio HiFi 组件建立的，并且在整篇论文中，HiFi 数据都被突出显示为最准确和完整的结果。
其它文献 - 动植物
使用 PacBio long reads 评估植物棉 (FDH228) 受控、干旱和粉虱侵染的转录组多样性
doi: https://doi.org/10.1016/j.gene.2022.147065
基因鉴定和组织表达分析为基础被子植物 Magnolia polytepala（木兰科）的花组织和颜色提供信息
doi: https://doi.org/10.1007/s00425-022-04037-4
丹参线粒体基因组的从头杂交组装提供了丹参物种多染色体线粒体 DNA 结构的第一个证据
doi: https://doi.org/10.3390/ijms232214267
牡蛎（Ostrea edulis L.）基因组的染色体组装作为水产养殖的新遗传资源
doi: https://doi.org/10.1111/eva.13462
PacBio 全长测序与 RNA-seq 相结合揭示了牡丹内涝及其恢复的分子机制
doi: https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1030584
通过转录组和代谢组分析揭示天麻素生物合成途径 Pholidota chinensis Lindl.
doi: https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1024239
基于 PacBio 单分子实时测序的树番茄 ( Solanum betaceum Cav.) 全长转录组图谱和简单序列重复标记的挖掘
doi: https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1052817
Phytophthora agathidicida 基因组的染色体水平组装揭示了效应基因家族的适应性
doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.1038444
蛇毒磷酸二酯酶 (svPDE) 的进化和结构突出了其在毒液作用中的重要性
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.24.517813
着丝粒组织的可塑性：全着丝粒可以仅由几兆碱基大小的卫星阵列组成
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.23.516916
具有单性育雏的果蝇中母性行为决定性别超基因的最新进化
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.24.517840
使用长读数据的质体基因组组装 (ptGAUL)
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.19.517194
常设遗传变异和染色体差异推动了主要疟疾病媒的快速生态型形成
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.21.517335
Preaxostyla 鞭毛虫的基因组学阐明了进化转变和线粒体丢失的途径
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.24.517819
线虫信息素产生的自然遗传变异
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.23.517769
其它文献 - 微生物
嗜麦芽窄食单胞菌SCAID WND1-2022(370)全基因组序列数据
doi: https://doi.org/10.1016/j.dib.2022.108694
40 年后在 2000 公里外发现了具有相同基因组的真菌菌株
doi: https://doi.org/10.3390/jof8111212
基因组测序的长短：使用混合测序策略对口腔微生物基因组进行测序
doi: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2780-8_6
植物病原真菌 Exobasidium rhododendri 的第一个完整基因组资源
doi: https://doi.org/10.1094/PHYTO-08-22-0301-A
DNA修饰在鸡毒支原体中的作用
doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0277819
"Candidatus Phormidium sp. 菌株 AB48" 和来自工业光生物反应器环境的共生微生物的宏基因组组装基因组
DOI: https://doi.org/10.1128/mra.00447-22
中国动物和食品沙门氏菌的染色体和质粒定位 mcr
DOI: https://doi.org/10.1128/spectrum.02773-22
从长读长宏基因组学洞察片濑温泉沉积物中未培养细菌的生态作用
DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.1045931
多重耐药性嗜水气单胞菌 MX16A 的比较基因组学分析提供了对抗生素耐药性基因的见解
DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.1042350
生物合成基因簇转录的爆发伴随着 myxobacterium Sorangium sp 中天然化合物产生的激增
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.24.517636
全球草食性真菌群落的模式和决定因素
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.21.517404
噬菌体调节 Shewanella fidelis 3313 运动和生物膜形成：对 Ciona robusta 肠道定植动力学的影响
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.23.517592
第一个与宿主相关的厌氧菌 Psychrilyobacter 分离株提供了对其在鲍鱼肠道中潜在作用的见解
doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.24.517839
PacBio 产品仅供研究使用。不用于临床诊断。
基因有限公司作为PacBio公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。
