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PacBio每周文献导览（2022-47）
单分子长读长甲基化分析揭示了经历太空飞行的拟南芥根中 Elongator Complex Subunit 2 调节的区域 DNA 甲基化
Doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515199
应用一种新的靶向测序方法（在预印本中有详细描述）以单分子分辨率进行研究，并揭示“以前在太空飞行期间基于群体的方法未发现的区域 DNA 甲基化改变”。
哺乳动物发育动态假基因的进化和功能 Doi: https://doi.org/10.1186/s13059-022-02802-y
使用 Iso-Seq 比较人和小鼠的假基因表达：
结果提示： “使用 PacBio 全长测序数据，我们......极大地扩展了分析的数据集并分析了全基因组的假基因表达模式。” 发现“可以转录大量哺乳动物假基因，这有助于建立器官标签。” 鉴定出 177 个假基因。其中，114 个（64%）是经过加工的假基因。“与之前的报告一致，GENCODE 注释中没有 Iso-seq 识别的大多数转录假基因，它们之间仅共享 56 个 (31.6%) 假基因。” “编码潜力评估表明，19% 的人类假基因可以被翻译，从而成为蛋白质创新的新途径。” “假基因携带与疾病相关的单核苷酸多态性并导致癌症转录组扰动。”
微生物宏基因组学第二代和第三代测序平台的基准测试
DOI：https://doi.org/10.1038/s41597-022-01762-z
比较鸟枪法宏基因组学的 5 种短读长和两种长读长技术。HiFi 测序优势明显：
“PacBio Sequel II 提供了最低的替换错误率”
“PacBio Sequel II 生成了最连续的组装结果集”
“PacBio Sequel II 还提供了最准确的组装”
与ONT相比：“所有技术都提供了高达 99% 的一致性，除了 MinION R9 由于高 in/del 错误和替换错误而具有大约 89% 的一致性”
其它文献 - 人类医学 来自沙特个人的个人参考质量、完全注释的基因组 doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.05.515129 长链非编码 RNA PURPL 在 p53 激活过程中转录组调控中的上下游相关功能 doi: https://doi.org/10.1128/mcb.00289-22 PURPL 是一种 p53 诱导的 lncRNA，可抑制基础 p53 水平。本文研究了肝癌细胞中 p53 激活后的 PURPL。使用 Iso-Seq，“我们发现了具有保留内含子和/或之前未注释的外显子的新型 PURPL 转录本。” 研究同种型的功能，发现 PURPL“在 p53 激活的背景下微妙地调节有丝分裂基因的表达以控制细胞周期停滞”。 用 LAPA 分析长读或短读 RNA-seq 的替代聚腺苷酸化 doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.08.515683
其它文献 - 动植物 使用 PacBio 测序全面分析鸡的结构变异 doi: https://doi.org/10.3389/fgene.2022.971588 研究人员从10只不同的鸡中检测SV，检测到约 50,000 个高置信度 SV。 主要结论： “SV 是遗传变异的主要来源之一，与单核苷酸多态性 (SNP) 相比，它对表型进化、疾病易感性和环境适应性的影响更大。” “PacBio 检测到的 SV 多于 Illumina 短读长技术” “染色体上的一些SV位点，与鸡的生长发育有关。在鸡驯化过程中，保留了一些对品种有益或对品种基因组功能没有任何影响的 SV，而有害的 SV 通常被淘汰。” 整合代谢组学和转录组学揭示乌头中 Atisine 的生物合成 doi: https://doi.org/10.3390/ijms232113463 脂肪酸生物合成途径在柱头发育过程中被下调，并且在观赏羽衣甘蓝的自相不相容反应中至关重要 doi: https://doi.org/10.3390/ijms232113102 改进芝麻基因组的组装和注释 doi: https://doi.org/10.1093/dnares/dsac041 从夏威夷主要珊瑚物种中组装的高质量基因组 doi: https://doi.org/10.1093/gigascience/giac098 使用 PacBio 长读长测序鉴定和表达寄生蜂 Microplitis pallidipes 气味结合蛋白 doi: https://doi.org/10.1051/parasite/2022053 来自韩国的亚洲 koel Eudynamys scolopaceus (Aves: Cuculiformes) 的完整线粒体基因组 doi: https://doi.org/10.1080/23802359.2022.2134745 长读长基因组组装揭示了与两条姊妹鳜鱼表型差异相关的顺式调控景观 doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515789 日本驯化的红紫苏 (Perilla frutescens) 的高度连续基因组组装 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.16.508052 北大西洋牡蛎 (Gaillon/Bory) Simonsen 的完整线粒体基因组和叶绿体基因组草图，1974 年（舟形藻科、硅藻纲） doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515767
其它文献 - 微生物 Complete Genome Sequence of Xanthomonas arboricola pv. pruni Strain Xcp1 Isolated in 1984 from a Bacterial Spot Spring Canker on Prunus persica var. nucipersica cv. "Redgold". doi: https://doi.org/10.1128/mra.00209-22 “自灭活”狂犬病病毒容易失去其预期的减毒修饰 doi: https://doi.org/10.1101/550640 mEnrich-seq：微生物组感兴趣的细菌类群的甲基化引导富集测序 doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.07.515285 通过联合短序列和长序列有效恢复完整的肠道噬菌体基因组 doi: https://doi.org/10.1101/2022.07.03.498593
PacBio 产品仅供研究使用。不用于临床诊断。
基因有限公司作为PacBio公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。
