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PacBio每周文献导览（2022-46）
FLAIRR-seq：一种用于单分子解析近全长免疫球蛋白重链库的新方法
Doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.24.509352
对表达的抗体 (Ab) 库进行测序的新金标准
现有测序方法的分辨率有限：“常用的 AIRR seq 方法都是……在技术上受到短读长测序的长度限制（≤ 600nt）。因此，当前的 AIRR-seq 策略无法解析完整的重链转录本。”
FLAIRR-seq “ 首次提供了 IGHV、IGHD、IGHJ 和 IGHC 区域基因和等位基因的同步单分子表征、等位基因解析的亚型定义，以及类转换重组的高分辨率鉴定克隆血统。” 基于 “近全长 IgG 和 IgM 重链转录物的扩增，与PacBio SMRT 测序配对，产生高度准确（平均读取准确度 ~ Q60，99.9999%）、近全长 Ab 序列。”
通过来自 10 个个体的 FLAIRR-seq 鉴定出 32 个独特的 IGHC 等位基因，其中 28 个 (87%) 之前未被鉴定。
比较PacBio SMRT测序和纳米孔测序分析血浆中长游离 DNA 的大小、末端基序和组织来源 Doi: https://doi.org/10.1093/clinchem/hvac180
来自香港中文大学卢煜明教授团队的一篇使用长读长测序检测血浆中游离DNA（cfDNA）的文献。研究人员使用PacBio SMRT 测序和 Oxford Nanopore Technologies (ONT) 的纳米孔测序对超声处理的人类和小鼠 DNA 的人工混合物进行评估。使用 2 个长读长测序平台对来自不同妊娠期孕妇、乙型肝炎携带者和肝细胞癌患者血浆样本的 cfDNA 进行了测序。
结果提示： 使用合成混合物，PacBio SMRT测序相对于ONT测序显示出对较长分子的更大偏好。 “由于需要额外的生物信息学处理”，只有 38% 的映射 ONT reads能够通过过滤被利用，“而 PacBio 数据中所有映射的高质量 CCS reads都可以被利用”。此外，发现将近一半的映射 ONT reads存在“会对 cfDNA 的片段大小和最终分析产生直接和重大影响”的问题。 “与 ONT 相比，PacBio SMRT 测序测到的 cfDNA 片段长得多”（下图显示的是第三孕期；事实上所有 3 个孕期都是如此）。例如。“PacBio 测序结果中大于 1kb 的 cfDNA 片段的百分比比 ONT 中的高 30 倍左右”。
“与 ONT 相比，PacBio 中长胎儿和母体特异性 cfDNA 的比例也高得多”。
其它文献 - 人类医学 中风易发自发性高血压大鼠的基因组组装 doi: https://doi.org/10.1161/HYPERTENSIONAHA.122.20140 研究人员使用PacBio HiFi测序组装出 “最广泛使用的人类心血管疾病模型”的高质量基因组。“使用 HiFi 测序产生的组装在单个碱基水平上更正确”并且“捕获显着的结构变异。” 还对来自 8 个组织的 Iso-Seq 进行了验证和注释。 长读长测序识别 Gitelman 综合征的新型致病性内含子变异 doi: https://doi.org/10.1681/ASN.2022050627 在 95 名疑似 Gitelman 综合征患者中鉴定出 46 个以前未检测到的变异。剪接试验证实了内含子变异体的致病性。“之前遗漏了内含子和外显子变体”。“研究结果提倡对内含子变异进行长读长测序，作为对具有一种致病性 SLC12A3 变异的患者的二级诊断测试。” Hi-C 与短读长和长读长基因组测序的结合揭示了种系重排基因组的结构 doi: https://doi.org/10.1038/s41467-022-34053-7 使用 PacBio (CLR)、Illumina 和 Hi-C 在 11 个个体中解决复杂的基因组重排。断点的全面检测、消除可能的假阳性检出、重建破碎的染色体，以及研究基因组重排时产生的新邻接。SNP 分析结合 PacBio 进一步用于 RNA-seq 数据的等位基因特异性定量。“表达改变的基因部分与基因到断点的距离有关”。 高精度SMRT测序在携带者筛选人群中检测罕见α珠蛋白融合基因 doi: https://doi.org/10.1111/ahg.12486 “与 NGS 相比，SMRT 测序在检测 α 融合基因方面是一种更好的方法，这归因于其高效、准确和一步到位的特性。” 用于单分子、长读长测序的 DNA 读数计数校准 Dio: https://doi.org/10.1038/s41598-022-21606-5 PacBio 和 ONT 用于 AAV 测序的详细比较。PacBio表现良好；基于转座酶的ONT protocol “导致原始长度信息丢失”，基于连接的 ONT protocol 具有高度可变的读取频率。 单细胞和批量测序数据中 PVRIG 的基因模型校正可以准确检测和研究其功能相关性 doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.02.514879 Iso-Seq 用于纠正错误的 GENCODE 注释，之前的错误会导致该临床相关基因的基因表达研究出现错误 使用 FusionSeeker 对长读长癌症转录组测序数据进行基因融合检测和表征 Dio: https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-22-1628
其它文献 - 动植物 双斑章鱼视觉系统的细胞类型和分子结构 doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.10.015 生物发光蘑菇 Omphalotus guepiniiformis 的从头基因组组装揭示了荧光素酶基因块的 Omphalotus 特异性谱系 doi: https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2022.110514 长读长测序揭示人类疟疾寄生虫恶性疟原虫的转录组学复杂性 doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0276956 黑莓的染色体长度基因组组装和注释（Rubus argutus, cv. 'Hillquist'） doi: https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac289 斑头雁 (Anser indicus) 的染色体水平基因组组装 doi: https://doi.org/10.1038/s41597-022-01801-9 使用 PacBio HiFi 读取和 Hi-C 技术对 Nibea coibor 进行染色体水平的基因组组装 doi: https://doi.org/10.1038/s41597-022-01804-6 全基因组和转录组揭示黄芩根中黄酮的积累 doi: https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1000469 通过单分子实时测序对形成水华的甲藻 Akashiwo sanguinea 进行全长转录组分析 doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.993914 Capparis spinosa 变种. 草本植物基因组为 Capparaceae 家族的多样性和进化研究提供了第一个基因组工具 doi: https://doi.org/10.1101/2022.10.25.513714 HISS：基于 Snakemake 的工作流程，用于执行 SMRT-RenSeq 组装、AgRenSeq 和 dRenSeq 以发现新的植物抗病基因 doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.01.514708 “用于识别植物中新型抗病基因的用户友好、便携且易于定制的方法” Torreya grandis 的染色体水平基因组组装提供了对裸子植物特异性 sciadonic 酸生物合成的起源和进化的见解 doi: https://doi.org/10.1101/2022.10.28.514327 蛋白激酶基因随海拔升高呈线性下降：地衣真菌中跨物种和大陆的共享基因组特征表明在气候适应中的作用 doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.02.514805 真菌蚊蚋基因组的染色体尺度支架（双翅目：Bradysia coprophila） doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.03.515061
其它文献 - 微生物 靶向富集的长读长测序 (TELSeq) 检测宏基因组中的抗菌素耐药基因背景 doi: https://doi.org/10.1186/s40168-022-01368-y “提供微生物抗性基因组背景的细微差别，因此在公共、动物和人类健康以及抗生素耐药性的环境监测和监测方面具有广泛的应用”。 REBASE：DNA 限制和修饰数据库：酶、基因和基因组 doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkac975 “当有 PacBio 测序数据时，可以确定许多 DNA 甲基转移酶 (MTases) 的识别序列。这导致 REBASE 中具有良好特征的 MTase 数量爆炸式增长。” 从人类口腔中分离出来的鼠李糖乳杆菌 DM065 的完整基因组序列 doi: https://doi.org/10.1128/mra.00899-22
PacBio 产品仅供研究使用。不用于临床诊断。
基因有限公司作为PacBio公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。
