一般来说，研究SNP的经典思路／步骤是先找到目的基因的标签SNP（tagSNP），然后挑选功能位点，更后准备样本进行分型验证实验以确定更终有关联意义的位点。

      然鹅，自从NCBI宣布龙头数据库Hapmap下线后，如何查询tagSNP呢？

没错，如今得靠1000 Genomes Project数据了，那么下面将介绍如何从一个基因中筛选r2=0.8，MAF>0.05/0.1/0.2的tagSNP位点，以cGAS基因为例：

一、 基因SNP信息查询

1. 查询基因的vcf文件

可通过（http://www.internationalgenome.org/about）链接对千人基因组计划进行了解，筛选SNP前需要利用此数据查找基因的Variations，以cGAS基因为例进行介绍：

a.   进入上述千人基因组官网，点击“Browser”按钮，下拉找到“1000 Genomes Project phase 3 browser”，点击进入，即可跳出如下界面：

b.   在绿色搜索框区域输入“cGAS”，点击“Go”，跳出如下界面，此时可以看到界面左边的“Get VCF data”功能键为灰色，无法使用

             c．点击上图蓝色圈出区域（该区域表示cGAS基因所在染色体位置），跳出界面：

            d．弹出如下个界面，下拉点击“Next”，再弹出第二个界面，右键图中链接即可保存该基因的vcf文件，文件名后缀为“vcf.gz”。

        2. 转换文件格式（vcf to ped）

由于筛选tagSNP的软件Haploview只能识别ped格式的文件，故必须将查询到的vcf文件转换成ped格式，可使用在线工具（http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/VcftoPed?db=core）

a．进入网站，可以看到如下界面，输入参数，“Name for this Job”可直接输入研究的基因名“cGAS”，“Region Lookup”输入该基因所在染色体区域，选择populations（CHB代表中国北京汉族人群、CHS代表中国南方汉族人）

        b. 其他参数不动，下拉界面点击“Run”，会出现下图

        c. 完成后红色圈出部位会由“Queued”变成“Done”

       d. 点击旁边的“View results”,跳转下图，下载保存两份文件即可，文件名后缀分别是“.info”和“.ped”

发现没有，其实只要记住基因在染色体上的位置就能通过第2步直接生成ped文件了。当然也可以在NCBI数据库上查找该数据，注意必须选用GRCh37版本的，这样才能与1000 Genomes数据对应。

二、Haploview软件安装

Haploview软件是做SNP研究必备的一个工具，除了下面要介绍的tagSNP选择外，还可做case-control association study and TDT分析、LD block的制作和分析等等。

软件安装包下载地址：https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/medical-and-population-genetics/haploview/haploview

注：Haploview软件必须在java环境下运行，故必须先安装Java

三、tagSNP筛选

a.   打开Haploview软件，点击“File”-“open new data”，弹出如下界面

b.   选择“Linkage Format”-“Data File”点击Browser选择之前保存的ped文件，“Locus Information File”点击Browser选择info文件

注：“Ignore pair comparisons of markers”一般填写500kb，即忽略距离大于500kb的两个SNP的haplotype，因为即使算出来在遗传学上也没有很大的意义。

c.   点击“OK”，即可进入下图“Check Markers”选项界面：

             d．上述界面中红色圈出区域“HW p-value”为默认值为0.001，“Minimum minor alleles freq.”可设置为0.05/0.1/0.2（根据要求设置），点击“Rescore markers”，然后点击界面上端的“Tagger”按钮，跳转如下界面：

             e. 上图蓝色圈出部位“r² threshold”可设置为0.8（根据需要，亦可设置为1），点击“Run tagger”

，即跳转如下Result界面，表示在r²为0.8，MAF为0.05条件下，cGAS基因的tagSNP有28个，点击“Dump Tags File”即可保存位点rs ID，保存时可在文件名后面加上“.txt”。

以上操作就能查找出某个基因的tagSNP了～

当然，即便按照上述这么详细的教程来操作，可能还是会有小伙伴们在中途遇到各种errors，小编会在下一期整理一些Trouble Shooting／FAQ供大家学习，记得关注“基因公司”官网哦～

往期链接：

1. 什么，多倍体、同源性高的SNP位点也能做？！

2. KASP SNP分型技术经验分享（一）

3. KASP SNP分型技术经验分享（二）

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