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未来已至——Covaris 高通量全自动化FFPE核酸提取方案（下篇）
在未来已至——Covaris 高通量全自动化FFPE核酸提取方案（上篇）（点击回顾）中我们介绍了Covaris truXTRAC 96高通量FFPE核酸共提自动化工作方案,这个方案解决了传统提取脱蜡不彻底、核酸质量低、无法提取微量样本、无法自动化的限制，那么这个方案核酸提取表现如何呢？且看这篇分解。 RNA质量 01 RNA得率和纯度 ▲荧光定量法(Qubit)检测FFPE组织总RNA提取得率 结果显示： √ truXTRAC FFPE total NA Auto 96自动提取和truXTRAC 96 Manual手动提取平行对照，两者得率相当； √ Competitor传统提取试剂盒提取的Brain和Breast两种癌组织的RNA得率更低。 ▲230、260和280nm吸光度测定纯度（Nanodrop) 结果显示： √ truXTRAC自动提取和手动提取的RNA 260/280和260/230值两者一致，结果都比较好； √ Competitor传统提取试剂盒提取的RNA纯度不高，260/230值低于0.8； √ 肺肿瘤样本中260/230比值较低的原因是产率低(浓度低)。 02 可扩增性和分子量 RNA的扩增性(RT-qPCR)是衡量RNA完整性(解交联，平均片段长度)的指标。质量比数量更重要！truXTRAC自动和手工提取的RNA的可扩增性都优于Competitor试剂提取的RNA。 DV200值是RNA中分子量超过200 nt的RNA所占比例。多数情况下可以通过调节binding条件来减少低分子量RNA从而提高DV200值，对于RNA测序，DV200值大于25%是可以接受的。 DNA质量 01 DNA得率和纯度 ▲荧光定量法(Qubit)检测FFPE组织总DNA提取得率 结果显示： √ truXTRAC FFPE total NA Auto 96自动提取和truXTRAC 96 Manual手动提取平行对照，两者得率相当； √ Competitor传统提取试剂盒提取的colon和Breast两种癌组织的DNA得率明显更低。 ▲230、260和280nm吸光度测定纯度（Nanodrop) 结果显示： √ truXTRAC自动和手工提取的DNA的260/280 nm和260/230 nm比值与Competitor传统提取试剂盒提取的相似。 02 可扩增性和分子量 DNA的扩增率用KAPA QC试剂盒检测，通过PCR扩增来检测不同长度扩增子的比例。分数越高说明DNA质量(长度、解交联等)越好。三种提取方法KAPA QC值相似。 对提取的DNA进行片段分析（片段分析仪）以检测回收的总片段长度。高分子量代表解交联的程度。解交联程度不够很容易在AFA超声片段化DNA时体现出来。 低DNA质量对DNA剪切的影响 ▲ 从脑FFPE组织中提取的DNA AFA超声（Covaris LE220-plus/AFA-TUBE TPX）剪切前和剪切后的片段分析电泳图。 可以看到用Competitor传统提取试剂盒提取的DNA进行DNA剪切重复性差。这可能是由于不完全的解交联或洗脱的DNA含有杂质所造成。 配套设备 truXTRAC FFPE Total Auto 96 Kit 专为您的实验室设计。可以每一步都自动化，或者自动化实验室需要优化的那步。 对于完全集成自动化的流程，您还需要如下设备和试剂： • Covaris R或L系列聚焦超声仪 • 自动化液体工作站 • 96通道全自动螺旋盖样品管开/关盖仪 • 自动化兼容离心机 • 2台液体集成处理干式加热器 • 无核酸酶水，乙醇，异丙醇 // 扫码咨询 // 想索取更多资料或了解更多信息，可扫码添加产品经理咨询或联系您身边的基因有限公司员工。 基因有限公司作为Covaris公司中国的合作伙伴和全国代理商，为您提供DNA 片段化、ChIP实验、FFPE样本核酸提取、蛋白提取解决方案等。基因有限公司的宗旨是“专才为专家服务”，有专业团队为各大科研机构提供安装培训，技术支持，应用培训与售后维护一条龙服务，赢得客户的一致好评与信任。想要了解更多，请关注我们的官方微信“基因快讯”或联系您身边的基因有限公司员工。
