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强强联合|单细胞cDNA合成扩增模块助力全长转录本测序
2019年6月，基因有限公司独家代理的美国PacBio公司发布了Iso-seq 快速建库的制备指南。在该指南的样本制备部分，PacBio推荐使用NEBNext® 单细胞cDNA合成扩增模块（#E6421S/L）来完成全长转录本的反转录和扩增。
NEBNext®单细胞cDNA合成扩增模块的产品优势：
起始量低：低至单个细胞或2pg total RNA，即可开始实验
扩增效率高：更少的PCR循环数，更高的全长cDNA产量
检测灵敏：可以用于检测低丰度转录本（TPM<5）
高一致性：不同起始量及样本类型，均能保证转录本检测的一致性
节省时间：采用快速、精简的工作流程，减少操作步骤和手动操作时间
性价比高：现已加入NEB Q2“聚焦RNA”促销
NEBNext Kit与友商检测灵敏度对比。TPM = Transcripts per Kilobase Million. Panels show the number of transcripts detected within the following TPM ranges: 1-5, 5-10, 10-50 and >50 TPM. Increased identification of low abundance transcripts is observed with the NEBNext libraries.
每个样本不需要那么多数据量怎么办？
在cDNA扩增时，将NEBNext Single Cell cDNA PCR Primer和Iso-Seq Express cDNA PCR Primer替换成自己合成的带有标签的引物，用含有0.1mM EDTA的10mM Tris缓冲液稀释至12μM，使用体积不变。PacBio推荐的cDNA扩增引物序列见下表。扩增后的带标签的cDNA可以混在一起进行上机测序，每个cell更多可以混合12个样本。
