技术交流
扫描二维码
或添加“GeneGroup003”
获取更多更新资讯
商城订购
扫描二维码
或添加“基因商城（GeneMart）”
手机下单，快人一步
售后服务
扫描二维码
或添加“GeneGroup005”
获取更快速售后支持
PacBio每周文献导览（2022-38）
两个中国同卵双胞胎女儿及其父母基因组的单倍型组装和变异基准
doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.08.504083 最先进的测序技术和计算方法能够研究人类基因组中具有挑战性的区域，因此需要建立更新，更准确的变异基准数据库。 在这项研究中，研究人员使用多个先进的测序平台，包括 Illumina、BGI、PacBio 和 Oxford Nanopore Technology，对一个由两个同卵双胞胎女儿及其父母组成的中国家系进行了测序。研究人员利用高精度长读长测序来生成了具有高精度、完整性和连续性的单倍型解析组件 (HRA)。基于巧妙的同卵双胞胎家系样本、新颖的计算方法、高质量的测序读数和 HRA，建立了一个全面的变异基准数据库，包括3,883,283个SNV、859,256个Indel、9,678个大缺失、15,324个大插入、40个倒位和31个复杂结构变异。这项研究系统地检查了NGS难以检测的区域，例如重复区域和人类白细胞抗原 (HLA) 区域。 最终，研究人员说明了测序技术和测序深度如何影响从头组装和变异检测，并从中得出结论：30 × PacBio HiFi 测序是性能和成本之间的最佳平衡。 长读长测序用于遗传疾病的分子诊断 doi: https://doi.org/10.1002/humu.24465 长读长测序 (LRS) 已经出现了十多年，但由于之前的高错误率和高测序成本，该技术的广泛采用一直很缓慢。由于最近在产生高精度序列和降低成本方面取得的进展，这种情况正在发生变化。 LRS 有望在以下四个主要领域显著领先短读长测序： (1) 更好地检测结构变异； (2) 更好地分辨高度重复区域； (3) 准确的远程单倍型定相； (4) 直接检测碱基修饰。 长读长测序检测血红蛋白H病 doi: https://doi.org/10.1002/jcla.24687 血红蛋白 H (Hb H) 病是一种中度至重度的 α-地中海贫血 (α-thal)，部分患者可能需要间歇性输血治疗，尤其是在并发其它疾病期间。然而，使用常规方法无法检测到罕见的 Hb H 疾病，这超出了传统方法的检测范围。 在这项研究中，研究人员共收集到206个已知基因型样本，在PacBio Sequel平台上进行长读长盲测。使用 Free-Bayes 完成的HiFi reads与 hg19 参考基因组进行比对。把HiFi测序的准确性与常规方法进行比较，包括 Gap-PCR 和 PCR-反向斑点杂交 (PCR-RDB)。 研究人员得出结论：HiFi测序可以检测缺失和点突变的携带者。与常规方法相比，它的总体准确度为 100%。此外，HiFi测序比常规方法多检测到 6 个突变，并修正了 3 个病例结果。使用HiFi测序能够鉴定 Hb H 疾病，无论是常见或罕见基因型、缺失或非缺失基因型，其中包括两例被常规方法误诊的Hb H 病例。 RNA结合蛋白与进化的RNA脱氨酶的单分子共占位 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.06.506853
一种测量细胞中单个 RNA 分子上 RNA 与蛋白结合事件的新策略。与 Iso-Seq 结合“能够同时记录单个 mRNA 分子上两个 RNA 结合蛋白的位置”。
其它文献 - 人类医学 基于 CRISPR/Cas9 的增强高通量单细胞转录组学 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.06.506867 研究人员通过消耗高丰度转录本以增加感兴趣的reads的产量。下图是一个很好的例子，某些基因“在短读长文库中存在强烈的 3' 偏差（图 4i），导致对这些转录组区域的读取映射效率低下”。相比之下，“通过PacBio Iso-Seq得到的完整isoform促进了稀有浆母细胞群的注释。” 每个线粒体基因组的成本——对数百个完整线粒体基因组进行长扩增子 PacBio 和纳米孔测序 https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1922331/v1 研究人员使用具有不对称条形码的长扩增子对来自单张 SMRTCell 8M 的 677 个完整线粒体基因组进行了测序。“在 PacBio 平台上实施了几项节省成本的措施，以使每个样本的成本低至每个 mtGenome 7 美元”，提高了分类能力。ONT 的结果则很糟，只恢复了 <50% 的输入片段。
其它文献 - 动植物 全基因组复制重塑了孑遗植物青钱柳的适应性进化 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.04.506500 原生贻贝智利贻贝基因组揭示了面临海洋环境的适应性分子特征 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.06.506863 蚱蜢基因组揭示了 X 染色体的长期保存和 X 染色体进化的时间变异 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.08.507201 拷贝数变异塑造拟南芥代谢基因簇的结构多样性，并与气候梯度有关 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.05.506152 单分子实时 (SMRT) 测序促进了中华西洋菜的转录组研究和基因组注释 doi: https://doi.org/10.1007/s10126-022-10163-7 淡色库蚊（Culex pipiens molestus）的染色体水平组装和改进的淡色库蚊（Culicidae，双翅目）参考基因组 doi：https://doi.org/10.1111/1755-0998.13712 朦胧无白：在果蝇中注释的长读长基因组组装和 CRISPR/Cas9 基因组工程 doi: https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac231 Cheumatopsyche charites Malicky 和 Chantaramongkol 的第一个染色体水平基因组组装，1997 年（毛翅目：Hydropsychidae）揭示了它如何应对污染 https://doi.org/10.1093/gbe/evac136
其它文献 - 微生物 鼻胃管对长期护理患者口腔微生物组的影响 doi: https://doi.org/10.1101/2022.09.02.22279554 濒临灭绝的大头裂腹菌（Aspiorhynchus laticeps）的染色体规模基因组组装 doi: https://doi.org/10.1038/s41597-022-01671-1 包含 I-Fb CRISPR-Cas 系统的鲍曼不动杆菌菌株 AB43 的全基因组分析：洞察与耐药性的关系 https://doi.org/10.3390/molecules27175665 破坏性烟草细菌植物病原体青枯菌 FJ1003 菌株的综合基因组序列分析 https://doi.org/10.3389/fgene.2022.966092 霍马氏肠杆菌共同携带 bla NDM-1 和 mcr-9 导致上呼吸道感染的遗传特征 https://doi.org/10.2147/IDR.S367073
PacBio SMRT测序只用于科研，不用于临床。
基因有限公司作为PacBio公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。
