MERFISH(Multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization) 多重荧光原位杂交技术由华人科学家美国工程院院士庄小威(哈佛大学)发明,通过使用组合标记、顺序成像和抗错误条形码来实现高度多重的RNA定位和定量检测,可对1cm²的组织进行超分辨成像,分辨率≤100纳米。实现真正意义上的原位单细胞空间基因组分析,让基因的表达和定位可视化。FFPE(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded),是一种保存和制备活检标本的方法,可以保护组织中的蛋白质和结构,长期保存,不受温度和时间的影响。但通常FFPE样本RNA 转录本通常会发生交联, 降解以及片段化,限制了探针结合,影响检测。现基因集团上海贝晶生物技术有限公司已推出MERFISH空间转录组服务FFPE样本方案,可以突破过去从FFPE样本组织中获取空间基因表达信息的障碍,检测长期保存的珍贵样本的空间基因表达信息,能更好的利用现有的临床样本库资源进行回溯性研究。
FFPE和新鲜冰冻样本中细胞类型注释和细胞空间分布
在多种FFPE样本中具有高灵敏度和特异性
在多种组织类型中,MERFISH表达谱结果与bulk RNAseq结果高度一致。
FFPE样品改进的细胞分割算法,可在致密组织中更准确的捕获细胞边界,完全整合进MERSCOPE用户界面。多种细胞分割算法可选:Cellpose 和 Watershed。基于CellPose 细胞分割算法能在致密组织人FFPE肝脏组织中准确鉴定细胞类型 (A-B),基于细胞分割绘制细胞类型的UMAP图以及细胞在组织上的空间分布e (C-F)。MERSCOPE FFPE Workflow兼容蛋白染色,最多可检测6种蛋白。人结肠癌FFPE样本中同时检测347个基因和6种蛋白。
Vizgen官网已发布8种人FFPE肿瘤组织MERFISH开放数据集,包括结肠癌,肝癌,黑色素瘤,卵巢癌,前列腺癌,肺癌,乳腺癌,子宫癌。可通过网址https://info.vizgen.com/ffpe-showcase下载查看。
基因集团基因有限公司为美国Vizgen公司MERSCOPE™多重FISH超分辨率成像分析系统中国总代理。
基因集团上海贝晶生物技术有限公司全国首家推出MERSCOPE™ MERFISH空间基因组学技术服务。
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